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珉珉的小辫

金虫 (小有名气)

[求助] 有没有什么好方法来挑选阳性克隆

最近一直在用gate way来重组pDONR质粒,两个目的片段,1个用的DNA模板是基因组基因,长6Kb左右,另一个是cDNA模板,长2Kb。
做了有半个月了,原先以为肯定是短的cDNA先做出来,没想到现在大的做出来了,2kb的片段却怎么也找不到阳性克隆。

cDNA模板浓度似乎不高,pcr产物在割胶回收后浓度一般为70-100ng/ul。BP反应后转化DHa5后板子上能长出20多个菌落,因为菌落PCR所有的菌落条带都是一样的,很多条带,其中一条比较亮,我就以为都是阳性,第二天提取质粒电泳比对大小后却发现都没插进去。

于是,又重新PCR,重新割胶回收,努力提高浓度,昨天转化完,37度培养了约16小时,今天来一看发现长出了好多菌落。大概能有上百个了,有大有小。打算下午一会儿硬着头皮再做次菌落PCR吧,可隐隐觉得结果会跟上次一样,做了也没办法分辨阳性克隆。

所以,各位高手能不能教教我怎么用肉眼分辨菌落呢?那些星星点点的菌落是不是就可以直接忽略了?一般成功率高的转化大概长几个菌落比较靠谱?菌落是不是长的越多越好?PS,我之前克隆6kb的目的片段成功的板子上一次只长了1个菌落,一次长了3个菌落。所以我现在看到越多菌落的板子心情立马不好了。
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
珉珉的小辫: 金币+35, ★★★★★最佳答案 2013-11-18 14:36:27
不好意思前面的回复是我搞错了,两种pDONR是一样的,因为重组区大小是2000bp多点,所以你的序列重组到载体上后,质粒的大小从电泳结果上看应该与pDONR基本一致,用菌落质粒快速小提法初步检测后,检测出来大小与原质粒一致的再做菌落PCR。
5楼2013-11-15 23:39:41
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wuyao0513

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
珉珉的小辫: 金币+10, ★有帮助 2013-11-15 15:39:33
gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2013-11-15 16:22:54
你质粒上有抗性吗,菌落pcr可信度不是很大,最好找一株比较好的,比如提质粒带清晰的,双酶切验证下,实在切不出来,那就直接测序,以前我们实验室遇见过双酶切切不动,而测序后是正确的。
2楼2013-11-15 15:12:38
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珉珉的小辫

金虫 (小有名气)

★ ★
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-11-15 16:10:49
引用回帖:
2楼: Originally posted by wuyao0513 at 2013-11-15 15:12:38
你质粒上有抗性吗,菌落pcr可信度不是很大,最好找一株比较好的,比如提质粒带清晰的,双酶切验证下,实在切不出来,那就直接测序,以前我们实验室遇见过双酶切切不动,而测序后是正确的。

谢谢回复。我的质粒上有抗性,可是还是很多假阳性。如果板子上菌落少,我一般都是直接提质粒,比对大小。如果大小对上了之后再测序验证。
可是这几次板子上菌落太多,我又一直不信菌落PCR结果,就想问问有没有啥比菌落PCR更靠谱的方法。问了同实验室的人,也没什么建议,大家似乎都是这样做下来的。
无论如何,还是先做一次PCR吧,这次加入了两个提出来的质粒大小对上的菌落做阳性对照,看看结果再说吧。
3楼2013-11-15 15:43:17
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

感谢参与,应助指数 +1
缩++影: 屏蔽内容, 反馈回复内容有误,屏蔽。 2013-11-16 00:25:26
本帖内容被屏蔽

4楼2013-11-15 23:15:34
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