应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 优化出错， Atoms too close. error l202 求助啊
51/1返回列表
查看: 2650  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

123just

金虫 (正式写手)

[求助] 优化出错， Atoms too close. error l202 求助啊 已有1人参与

Small interatomic distances encountered:
     2    1      NaN
Atoms too close.
Error termination via Lnk1e in /home/cxw/Gaussian/g09/l202.exe at Sat Nov  2 09:17:03 2013.
Job cpu time:  9 days 22 hours 25 minutes 47.9 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    348 Int=      0 D2E=      0 Chk=     39 Scr=      1


下面是我的输入文件，麻烦高手帮忙看看什么情况，我只是想优化一下分子，可以的话帮我改改吧，这个时间太长了，浪费不起啊.....我把log也上传了，挺大的
%chk=/home/cxw/1-opt.chk
#p opt=cartesian rhf/6-31g geom=(connectivity,nocrowd) scf=maxcyc=1025

Title Card Required

0 1
C                 -2.88308699   -2.54399815    1.94205103
C                 -3.31188699   -3.36029815    0.90065103
C                 -2.58388699   -3.41489815   -0.29054897
C                 -1.36118309   -2.54525071   -0.31823544
C                 -1.12175886   -1.91571891    0.55145747
C                 -1.67161901   -1.78422483    1.67453107
C                 -0.69418699   -2.75129815   -1.79684897
C                  0.81451301   -2.79519815   -1.74964897
C                  1.49251301   -4.02229815   -1.72414897
C                  2.88911301   -4.05949815   -1.70384897
C                  3.62411301   -2.87379815   -1.70764897
C                  2.96451301   -1.64619815   -1.71724897
C                  1.56951301   -1.61199815   -1.71724897
O                  0.94541301   -0.38889815   -1.71724897
C                  0.94627761    3.17998837   -3.31221853
C                  0.63877761    4.51168837   -3.03401853
C                  0.09007761    4.85738837   -1.79911853
C                 -0.15112239    3.87138837   -0.84251853
C                  0.15637761    2.53968837   -1.12071853
C                  0.70507761    2.19398837   -2.35561853
C                 -0.74002239    4.24248837    0.48278147
C                 -0.89792239    3.01248837    1.32148147
C                 -1.43042239    3.10858837    2.60698147
C                 -1.57742239    1.96258837    3.38848147
C                 -1.19192239    0.72048837    2.88428147
C                 -0.65952239    0.62438837    1.59868147
C                 -0.47064494    1.75225019    0.72027200
P                  0.30691301    0.27150185   -0.37424897
C                 -1.20051901   -0.91412483    2.79803107
C                 -0.62111901   -1.78462483    3.90533107
C                 -2.37371901   -0.11092483    3.34403107
C                 -0.12731901    0.03867517    2.28813107
C                  1.03517761    0.76468837   -2.65431853
C                  1.61667761    0.66078837   -4.05811853
C                 -0.23032239   -0.07781163   -2.56461853
C                  2.05537761    0.25618837   -1.64421853
C                  0.89747761    5.56998837   -4.06081853
C                  0.47627761    6.92568837   -3.50941853
C                  0.09737761    5.26218837   -5.31951853
C                  2.38227761    5.59918837   -4.39841853
C                 -0.24592239   -0.70871163    1.05758147
C                  0.14704205   -0.58434391    0.03772285
C                 -0.95770309   -1.25922629    1.04020800
C                  0.67712312   -1.21871689    1.81776673
C                 -4.55418699   -4.18079815    1.05635103
C                 -5.10188699   -4.53819815   -0.31904897
C                 -5.59688699   -3.38169815    1.82685103
C                 -4.22838699   -5.45779815    1.81975103
C                  3.74841301   -0.37089815   -1.72744897
C                  5.23751301   -0.69059815   -1.72524897
C                  3.40231301    0.44750185   -0.49054897
C                  3.40341301    0.42850185   -2.97704897
C                  3.59951301   -5.37699815   -1.67794897
C                  2.68071301   -6.45979815   -2.22824897
C                  3.98501301   -5.71759815   -0.24444897
C                  4.85591301   -5.29459815   -2.53484897
C                 -2.14882239    2.06568837    4.76828147
C                 -2.48982239    0.67298837    5.28168147
C                 -3.41092239    2.91738837    4.73248147
C                 -1.12742239    2.71158837    5.69508147
H                 -3.45038699   -2.50569815    2.88365103
H                 -2.93488699   -4.06189815   -1.10804897
H                 -0.98758699   -1.86379815   -2.40094897
H                 -1.00408699   -3.72869815   -2.22974897
H                  0.92101301   -4.96209815   -1.71994897
H                  4.72361301   -2.90779815   -1.70304897
H                  1.37907761    2.90738837   -4.28611853
H                 -0.15242239    5.90768837   -1.57961853
H                 -0.06452239    4.95968837    1.00058147
H                 -1.73542239    4.71528837    0.32698147
H                 -1.73452239    4.08818837    3.00458147
H                 -1.30792239   -0.18321163    3.50048147
H                  0.23618099   -2.37162483    3.50633107
H                 -1.40541901   -2.48092483    4.27793107
H                 -0.27091901   -1.13772483    4.74063107
H                 -2.79711901    0.52517517    2.53473107
H                 -3.15801901   -0.80722483    3.71653107
H                 -2.02341901    0.53597517    4.17923107
H                  0.56569272   -0.43600148    1.96499514
H                  0.22218099    0.68497517    3.12413107
H                  2.54147761    1.27648837   -4.12371853
H                  0.87117761    1.03238837   -4.79631853
H                  1.86207761   -0.40181163   -4.28011853
H                 -0.61215974   -0.00961997   -1.64290808
H                 -0.97592239    0.29378837   -3.30281853
H                  0.01507761   -1.14051163   -2.78661853
H                  1.63137761    0.33168837   -0.61791853
H                  2.97997761    0.87228837   -1.70931853
H                  2.30007761   -0.80641163   -1.86711853
H                  1.06107761    7.15068837   -2.58951853
H                 -0.60882239    6.90438837   -3.26261853
H                  0.66867761    7.71248837   -4.27281853
H                  0.40517761    4.27138837   -5.72251853
H                 -0.98772239    5.24078837   -5.07281853
H                  0.28967761    6.04888837   -6.08291853
H                  2.69117761    4.60868837   -4.80151853
H                  2.96717761    5.82348837   -3.47841853
H                  2.57357761    6.38618837   -5.16181853
H                  1.02724205    0.09645609    0.05922285
H                 -0.64325795   -0.14774391   -0.61307715
H                  0.45454205   -1.57554391   -0.36457715
H                 -1.74790309   -0.82262629    0.38930800
H                  0.28052312   -1.34491689    2.84996673
H                  1.55712312   -0.53751689    1.83966673
H                  0.98392312   -2.20971689    1.41456673
H                 -4.33988699   -5.12219815   -0.88214897
H                 -5.34008699   -3.60499815   -0.87694897
H                 -6.02558699   -5.14829815   -0.20334897
H                 -5.19658699   -3.12049815    2.83195103
H                 -5.83508699   -2.44849815    1.26895103
H                 -6.52058699   -3.99169815    1.94255103
H                 -3.82798699   -5.19769815    2.82505103
H                 -3.46588699   -6.04149815    1.25695103
H                 -5.15258699   -6.06709815    1.93485103
H                  5.49051301   -1.28859815   -2.62914897
H                  5.48961301   -1.27479815   -0.81204897
H                  5.82031301    0.25760185   -1.73284897
H                  2.31411301    0.68110185   -0.49214897
H                  3.65441301   -0.13669815    0.42265103
H                  3.98511301    1.39560185   -0.49814897
H                  2.31531301    0.66260185   -2.97964897
H                  3.65581301   -0.16979815   -3.88104897
H                  3.98671301    1.37640185   -2.98374897
H                  2.39901301   -6.21089815   -3.27584897
H                  1.76251301   -6.51999815   -1.60214897
H                  3.20881301   -7.43929815   -2.20904897
H                  4.65641301   -4.92629815    0.15765103
H                  3.06681301   -5.77779815    0.38175103
H                  4.51311301   -6.69709815   -0.22524897
H                  5.52811301   -4.50349815   -2.13354897
H                  4.57421301   -5.04509815   -3.58234897
H                  5.38321301   -6.27449815   -2.51494897
H                 -1.56752239    0.05048837    5.30778147
H                 -3.23622239    0.20088837    4.60428147
H                 -2.91462239    0.74958837    6.30748147
H                 -3.16172239    3.93518837    4.35728147
H                 -4.15732239    2.44538837    4.05518147
H                 -3.83572239    2.99408837    5.75838147
H                 -0.87752239    3.72948837    5.32078147
H                 -0.20492239    2.08948837    5.72078147
H                 -1.55322239    2.78778837    6.72058147
O                  0.12199602    0.61151947    0.44827631
O                  0.67757345    1.39101437   -0.15220717
H                 -1.04950199   -0.46508016    1.65995834
H                 -0.59891134   -1.22852890    1.74803961
H                 -0.68119826   -0.35253712    0.15056772
O                 -0.55503393   -1.57588317   -0.86908828
H                  0.94069406   -0.06236818    0.74086641

1 2 2.0 6 1.0 61 1.0
2 3 1.0 45 1.0
3 4 2.0 62 1.0
4 5 1.0 7 1.0
5 6 2.0 147 1.0
6 29 1.0
7 8 1.0 63 1.0 64 1.0
8 9 2.0 13 1.0
9 10 1.0 65 1.0
10 11 2.0 53 1.0
11 12 1.0 66 1.0
12 13 2.0 49 1.0
13 14 1.0
14 28 1.0
15 16 2.0 20 1.0 67 1.0
16 17 1.0 37 1.0
17 18 2.0 68 1.0
18 19 1.0 21 1.0
19 20 2.0 143 1.0
20 33 1.0
21 22 1.0 69 1.0 70 1.0
22 23 2.0 27 1.0
23 24 1.0 71 1.0
24 25 2.0 57 1.0
25 26 1.0 72 1.0
26 27 2.0 41 1.0
27 142 1.0
28 143 1.0 147 1.0
29 30 1.0 31 1.0 32 1.0
30 73 1.0 74 1.0 75 1.0
31 76 1.0 77 1.0 78 1.0
32 79 1.0 80 1.0 144 1.0
33 34 1.0 35 1.0 36 1.0
34 81 1.0 82 1.0 83 1.0
35 84 1.0 85 1.0 86 1.0
36 87 1.0 88 1.0 89 1.0
37 38 1.0 39 1.0 40 1.0
38 90 1.0 91 1.0 92 1.0
39 93 1.0 94 1.0 95 1.0
40 96 1.0 97 1.0 98 1.0
41 42 1.0 43 1.0 44 1.0
42 99 1.0 100 1.0 101 1.0
43 102 1.0 145 1.0 146 1.0
44 103 1.0 104 1.0 105 1.0
45 46 1.0 47 1.0 48 1.0
46 106 1.0 107 1.0 108 1.0
47 109 1.0 110 1.0 111 1.0
48 112 1.0 113 1.0 114 1.0
49 50 1.0 51 1.0 52 1.0
50 115 1.0 116 1.0 117 1.0
51 118 1.0 119 1.0 120 1.0
52 121 1.0 122 1.0 123 1.0
53 54 1.0 55 1.0 56 1.0
54 124 1.0 125 1.0 126 1.0
55 127 1.0 128 1.0 129 1.0
56 130 1.0 131 1.0 132 1.0
57 58 1.0 59 1.0 60 1.0
58 133 1.0 134 1.0 135 1.0
59 136 1.0 137 1.0 138 1.0
60 139 1.0 140 1.0 141 1.0
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142 148 1.0
143
144
145
146
147
148
回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : 1-opt.log
    • 2013-11-13 13:21:14, 33.87 M

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
多多和大家探讨电化学的问题
1楼 2013-11-13 13:24:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
gmy1990: 金币+3 2013-12-16 21:58:51
没有发现键长方面的问题，但空间排布上还受力不平衡，点击GV上面的那个小“刷子”，它可以用简单的分子力学替你初步优化一下，平衡各基团之间的斥力。我也刷了它一下，有较大的空间排布变化。

另外，把关键词geom=(connectivity,nocrowd)改成geom=nocrowd，同时删除分子坐标后面的长长的连接关系，这里也添乱。
赞一下(2人) 回复此楼
8楼2013-12-16 16:51:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990: 金币+3 2013-11-13 19:35:48
在GV中看了一下这个分子，许多原子靠得太近了，形成了过多的不合理成键，比如43号原子。
需要在GV中逐一发现这样的问题，逐一修正。
赞一下 回复此楼
2楼2013-11-13 19:24:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

123just

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhou2009 at 2013-11-13 19:24:05
在GV中看了一下这个分子，许多原子靠得太近了，形成了过多的不合理成键，比如43号原子。
需要在GV中逐一发现这样的问题，逐一修正。

%chk=F:\G09\1\1-opt-1.chk
#p opt=cartesian rhf/3-21g geom=(connectivity,nocrowd) scf=maxcyc=800

Title Card Required

0 1
C                 -3.29710000   -3.77550000    1.08220000
C                 -3.41970000   -4.62590000    0.05040000
C                 -2.57350000   -4.42170000   -0.96900000
C                 -1.72680000   -3.37780000   -1.02170000
C                 -1.72680000   -2.46930000   -0.01380000
C                 -2.47120000   -2.71170000    1.09590000
C                 -0.80720000   -3.29380000   -2.24200000
C                  0.69940000   -3.30200000   -1.93580000
C                  1.25720000   -4.52550000   -2.01510000
C                  2.56390000   -4.75880000   -1.84520000
C                  3.30160000   -3.66470000   -1.61330000
C                  2.81120000   -2.41390000   -1.50240000
C                  1.46970000   -2.21820000   -1.62610000
O                  0.97000000   -0.94370000   -1.45160000
C                  0.33230000    3.37710000   -3.49300000
C                  0.30400000    4.45530000   -2.69410000
C                 -0.29600000    4.26800000   -1.51280000
C                 -0.76410000    3.06460000   -1.14840000
C                 -0.62130000    1.96550000   -1.93500000
C                 -0.15940000    2.15210000   -3.20560000
C                 -1.55180000    3.00590000    0.15890000
C                 -0.84940000    2.87410000    1.49910000
C                 -1.54520000    3.24760000    2.58700000
C                 -1.05530000    3.14520000    3.83090000
C                  0.18170000    2.63030000    3.92780000
C                  0.93410000    2.24660000    2.87820000
C                  0.39190000    2.36890000    1.64310000
P                 -0.58810000   -0.65990000   -1.45640000
C                 -2.41040000   -1.79480000    2.34520000
C                 -3.25390000   -2.30110000    3.54610000
C                 -2.93110000   -0.37210000    2.04080000
C                 -0.95840000   -1.72140000    2.87650000
C                 -0.23760000    1.15080000   -4.40190000
C                 -0.13860000    1.85130000   -5.79740000
C                 -1.63780000    0.48960000   -4.48340000
C                  0.89650000    0.10790000   -4.43760000
C                  0.80410000    5.82080000   -3.18360000
C                  0.66800000    6.94820000   -2.13470000
C                 -0.02790000    6.24980000   -4.41510000
C                  2.29560000    5.72800000   -3.57100000
C                  2.34860000    1.67160000    3.11360000
C                  3.40620000    2.39570000    2.24540000
C                  2.33220000    0.15400000    2.83370000
C                  2.86850000    1.82850000    4.56880000
C                 -4.43420000   -5.77720000    0.08070000
C                 -4.60810000   -6.48730000   -1.28300000
C                 -5.83290000   -5.24120000    0.47080000
C                 -3.97320000   -6.82700000    1.11120000
C                  3.87050000   -1.31290000   -1.23860000
C                  4.62910000   -1.62950000    0.07460000
C                  3.37910000    0.14320000   -1.09660000
C                  4.86520000   -1.28170000   -2.42650000
C                  3.20370000   -6.15030000   -1.93320000
C                  2.19420000   -7.29160000   -2.19810000
C                  3.91110000   -6.47220000   -0.59770000
C                  4.23150000   -6.17220000   -3.08620000
C                 -1.85860000    3.53310000    5.07980000
C                 -2.29520000    2.23250000    5.78760000
C                 -3.13040000    4.35660000    4.76950000
C                 -1.00650000    4.38900000    6.04590000
H                 -3.93520000   -3.97880000    1.94920000
H                 -2.57750000   -5.12650000   -1.81150000
H                 -1.11590000   -2.52600000   -2.98050000
H                 -1.01310000   -4.16040000   -2.91190000
H                  0.60340000   -5.38150000   -2.23530000
H                  4.38130000   -3.82780000   -1.50180000
H                  0.76210000    3.57190000   -4.48000000
H                 -0.44530000    5.11090000   -0.82350000
H                 -2.16080000    3.94230000    0.18410000
H                 -2.34210000    2.22280000    0.11470000
H                 -2.56490000    3.62690000    2.43060000
H                  0.57340000    2.51060000    4.94370000
H                 -2.94170000   -3.31670000    3.88080000
H                 -4.34480000   -2.30770000    3.32310000
H                 -3.13850000   -1.64200000    4.43630000
H                 -3.95470000   -0.40700000    1.60460000
H                 -2.97430000    0.25240000    2.96150000
H                 -2.28750000    0.19860000    1.34210000
H                 -0.89350000   -1.13320000    3.81970000
H                 -0.25490000   -1.22630000    2.17670000
H                  0.88650000    2.21690000   -6.03300000
H                 -0.86320000    2.69130000   -5.90150000
H                 -0.36870000    1.15360000   -6.63450000
H                 -1.91600000   -0.13890000   -3.61920000
H                 -2.43700000    1.26000000   -4.57570000
H                 -1.72060000   -0.19430000   -5.35800000
H                  1.86470000    0.55150000   -4.11510000
H                  1.05420000   -0.31380000   -5.45520000
H                  0.67790000   -0.79230000   -3.83670000
H                  1.24560000    6.72470000   -1.20940000
H                 -0.39460000    7.13680000   -1.85970000
H                  1.05840000    7.91440000   -2.52750000
H                  0.09170000    5.56310000   -5.28180000
H                 -1.11380000    6.28780000   -4.16830000
H                  0.26930000    7.26070000   -4.77510000
H                  2.48300000    5.01680000   -4.40500000
H                  2.91120000    5.39990000   -2.70290000
H                  2.68690000    6.71430000   -3.90900000
H                  3.38480000    3.49340000    2.43320000
H                  3.29260000    2.24630000    1.15380000
H                  4.43610000    2.03840000    2.47170000
H                  1.96510000   -0.10300000    1.81880000
H                  2.27320000    1.24440000    5.30590000
H                  2.89420000    2.89560000    4.88790000
H                  3.90840000    1.44490000    4.67580000
H                 -3.68540000   -7.01830000   -1.60710000
H                 -4.91030000   -5.77120000   -2.08140000
H                 -5.40120000   -7.26760000   -1.23700000
H                 -5.87920000   -4.84090000    1.50670000
H                 -6.15390000   -4.42850000   -0.22050000
H                 -6.60470000   -6.04230000    0.42560000
H                 -3.90270000   -6.40420000    2.13810000
H                 -2.97070000   -7.23230000    0.84410000
H                 -4.68270000   -7.68400000    1.15840000
H                  5.22480000   -2.56660000    0.03260000
H                  3.91710000   -1.72560000    0.92530000
H                  5.35660000   -0.82800000    0.33530000
H                  2.87380000    0.52500000   -2.00970000
H                  2.70710000    0.24640000   -0.22280000
H                  4.21920000    0.84870000   -0.90690000
H                  4.32840000   -1.07100000   -3.38000000
H                  5.42860000   -2.22930000   -2.56510000
H                  5.63780000   -0.49090000   -2.29450000
H                  1.67340000   -7.16940000   -3.17460000
H                  1.43190000   -7.36870000   -1.38990000
H                  2.70370000   -8.28090000   -2.24130000
H                  4.73970000   -5.76720000   -0.36680000
H                  3.19190000   -6.43450000    0.25220000
H                  4.36110000   -7.49070000   -0.61180000
H                  5.07040000   -5.45880000   -2.93010000
H                  3.74650000   -5.91370000   -4.05510000
H                  4.69290000   -7.17940000   -3.19910000
H                 -1.42500000    1.61390000    6.10190000
H                 -2.92490000    1.60420000    5.11710000
H                 -2.89120000    2.44980000    6.70260000
H                 -2.88500000    5.29100000    4.21500000
H                 -3.88130000    3.77840000    4.18610000
H                 -3.65300000    4.66390000    5.70350000
H                 -0.60990000    5.29330000    5.53040000
H                 -0.14480000    3.83860000    6.48150000
H                 -1.60590000    4.73650000    6.91760000
O                  1.05250000    1.94930000    0.53470000
O                 -1.12650000    0.82160000   -1.36990000
H                 -0.55880000   -2.74010000    3.08500000
H                  3.34960000   -0.28640000    2.93620000
H                  1.66700000   -0.37340000    3.55420000
O                 -0.95670000   -1.33950000   -0.05600000
H                  1.79430000    1.38630000    0.79350000

1 2 2.0 6 1.0 61 1.0
2 3 1.0 45 1.0
3 4 2.0 62 1.0
4 5 1.0 7 1.0
5 6 2.0 147 1.0
6 29 1.0
7 8 1.0 63 1.0 64 1.0
8 9 2.0 13 1.0
9 10 1.0 65 1.0
10 11 2.0 53 1.0
11 12 1.0 66 1.0
12 13 2.0 49 1.0
13 14 1.0
14 28 1.0
15 16 2.0 20 1.0 67 1.0
16 17 1.0 37 1.0
17 18 2.0 68 1.0
18 19 1.0 21 1.0
19 20 2.0 143 1.0
20 33 1.0
21 22 1.0 69 1.0 70 1.0
22 23 2.0 27 1.0
23 24 1.0 71 1.0
24 25 2.0 57 1.0
25 26 1.0 72 1.0
26 27 2.0 41 1.0
27 142 1.0
28 143 1.0 147 1.0
29 30 1.0 31 1.0 32 1.0
30 73 1.0 74 1.0 75 1.0
31 76 1.0 77 1.0 78 1.0
32 79 1.0 80 1.0 144 1.0
33 34 1.0 35 1.0 36 1.0
34 81 1.0 82 1.0 83 1.0
35 84 1.0 85 1.0 86 1.0
36 87 1.0 88 1.0 89 1.0
37 38 1.0 39 1.0 40 1.0
38 90 1.0 91 1.0 92 1.0
39 93 1.0 94 1.0 95 1.0
40 96 1.0 97 1.0 98 1.0
41 42 1.0 43 1.0 44 1.0
42 99 1.0 100 1.0 101 1.0
43 102 1.0 145 1.0 146 1.0
44 103 1.0 104 1.0 105 1.0
45 46 1.0 47 1.0 48 1.0
46 106 1.0 107 1.0 108 1.0
47 109 1.0 110 1.0 111 1.0
48 112 1.0 113 1.0 114 1.0
49 50 1.0 51 1.0 52 1.0
50 115 1.0 116 1.0 117 1.0
51 118 1.0 119 1.0 120 1.0
52 121 1.0 122 1.0 123 1.0
53 54 1.0 55 1.0 56 1.0
54 124 1.0 125 1.0 126 1.0
55 127 1.0 128 1.0 129 1.0
56 130 1.0 131 1.0 132 1.0
57 58 1.0 59 1.0 60 1.0
58 133 1.0 134 1.0 135 1.0
59 136 1.0 137 1.0 138 1.0
60 139 1.0 140 1.0 141 1.0
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142 148 1.0
143
144
145
146
147
148
麻烦帮我看看这个吧，还是出错了，L202，说原子距离太近：Small interatomic distances encountered:
     2    1      NaN
Atoms too close.
这个是指1号和2号原子距离出问题了么？苯环里几个原子距离都有1.34A左右，我都卡在这好久了，也解决不了。。。
赞一下 回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : 1-opt-1.log
    • 2013-12-03 10:46:51, 32.41 M
多多和大家探讨电化学的问题
3楼2013-12-03 10:45:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

123just

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhou2009 at 2013-11-13 19:24:05
在GV中看了一下这个分子，许多原子靠得太近了，形成了过多的不合理成键，比如43号原子。
需要在GV中逐一发现这样的问题，逐一修正。

%chk=F:\G09\1\1-opt-1.chk
#p opt=cartesian rhf/3-21g geom=(connectivity,nocrowd) scf=maxcyc=800

Title Card Required

0 1
C                 -3.29710000   -3.77550000    1.08220000
C                 -3.41970000   -4.62590000    0.05040000
C                 -2.57350000   -4.42170000   -0.96900000
C                 -1.72680000   -3.37780000   -1.02170000
C                 -1.72680000   -2.46930000   -0.01380000
C                 -2.47120000   -2.71170000    1.09590000
C                 -0.80720000   -3.29380000   -2.24200000
C                  0.69940000   -3.30200000   -1.93580000
C                  1.25720000   -4.52550000   -2.01510000
C                  2.56390000   -4.75880000   -1.84520000
C                  3.30160000   -3.66470000   -1.61330000
C                  2.81120000   -2.41390000   -1.50240000
C                  1.46970000   -2.21820000   -1.62610000
O                  0.97000000   -0.94370000   -1.45160000
C                  0.33230000    3.37710000   -3.49300000
C                  0.30400000    4.45530000   -2.69410000
C                 -0.29600000    4.26800000   -1.51280000
C                 -0.76410000    3.06460000   -1.14840000
C                 -0.62130000    1.96550000   -1.93500000
C                 -0.15940000    2.15210000   -3.20560000
C                 -1.55180000    3.00590000    0.15890000
C                 -0.84940000    2.87410000    1.49910000
C                 -1.54520000    3.24760000    2.58700000
C                 -1.05530000    3.14520000    3.83090000
C                  0.18170000    2.63030000    3.92780000
C                  0.93410000    2.24660000    2.87820000
C                  0.39190000    2.36890000    1.64310000
P                 -0.58810000   -0.65990000   -1.45640000
C                 -2.41040000   -1.79480000    2.34520000
C                 -3.25390000   -2.30110000    3.54610000
C                 -2.93110000   -0.37210000    2.04080000
C                 -0.95840000   -1.72140000    2.87650000
C                 -0.23760000    1.15080000   -4.40190000
C                 -0.13860000    1.85130000   -5.79740000
C                 -1.63780000    0.48960000   -4.48340000
C                  0.89650000    0.10790000   -4.43760000
C                  0.80410000    5.82080000   -3.18360000
C                  0.66800000    6.94820000   -2.13470000
C                 -0.02790000    6.24980000   -4.41510000
C                  2.29560000    5.72800000   -3.57100000
C                  2.34860000    1.67160000    3.11360000
C                  3.40620000    2.39570000    2.24540000
C                  2.33220000    0.15400000    2.83370000
C                  2.86850000    1.82850000    4.56880000
C                 -4.43420000   -5.77720000    0.08070000
C                 -4.60810000   -6.48730000   -1.28300000
C                 -5.83290000   -5.24120000    0.47080000
C                 -3.97320000   -6.82700000    1.11120000
C                  3.87050000   -1.31290000   -1.23860000
C                  4.62910000   -1.62950000    0.07460000
C                  3.37910000    0.14320000   -1.09660000
C                  4.86520000   -1.28170000   -2.42650000
C                  3.20370000   -6.15030000   -1.93320000
C                  2.19420000   -7.29160000   -2.19810000
C                  3.91110000   -6.47220000   -0.59770000
C                  4.23150000   -6.17220000   -3.08620000
C                 -1.85860000    3.53310000    5.07980000
C                 -2.29520000    2.23250000    5.78760000
C                 -3.13040000    4.35660000    4.76950000
C                 -1.00650000    4.38900000    6.04590000
H                 -3.93520000   -3.97880000    1.94920000
H                 -2.57750000   -5.12650000   -1.81150000
H                 -1.11590000   -2.52600000   -2.98050000
H                 -1.01310000   -4.16040000   -2.91190000
H                  0.60340000   -5.38150000   -2.23530000
H                  4.38130000   -3.82780000   -1.50180000
H                  0.76210000    3.57190000   -4.48000000
H                 -0.44530000    5.11090000   -0.82350000
H                 -2.16080000    3.94230000    0.18410000
H                 -2.34210000    2.22280000    0.11470000
H                 -2.56490000    3.62690000    2.43060000
H                  0.57340000    2.51060000    4.94370000
H                 -2.94170000   -3.31670000    3.88080000
H                 -4.34480000   -2.30770000    3.32310000
H                 -3.13850000   -1.64200000    4.43630000
H                 -3.95470000   -0.40700000    1.60460000
H                 -2.97430000    0.25240000    2.96150000
H                 -2.28750000    0.19860000    1.34210000
H                 -0.89350000   -1.13320000    3.81970000
H                 -0.25490000   -1.22630000    2.17670000
H                  0.88650000    2.21690000   -6.03300000
H                 -0.86320000    2.69130000   -5.90150000
H                 -0.36870000    1.15360000   -6.63450000
H                 -1.91600000   -0.13890000   -3.61920000
H                 -2.43700000    1.26000000   -4.57570000
H                 -1.72060000   -0.19430000   -5.35800000
H                  1.86470000    0.55150000   -4.11510000
H                  1.05420000   -0.31380000   -5.45520000
H                  0.67790000   -0.79230000   -3.83670000
H                  1.24560000    6.72470000   -1.20940000
H                 -0.39460000    7.13680000   -1.85970000
H                  1.05840000    7.91440000   -2.52750000
H                  0.09170000    5.56310000   -5.28180000
H                 -1.11380000    6.28780000   -4.16830000
H                  0.26930000    7.26070000   -4.77510000
H                  2.48300000    5.01680000   -4.40500000
H                  2.91120000    5.39990000   -2.70290000
H                  2.68690000    6.71430000   -3.90900000
H                  3.38480000    3.49340000    2.43320000
H                  3.29260000    2.24630000    1.15380000
H                  4.43610000    2.03840000    2.47170000
H                  1.96510000   -0.10300000    1.81880000
H                  2.27320000    1.24440000    5.30590000
H                  2.89420000    2.89560000    4.88790000
H                  3.90840000    1.44490000    4.67580000
H                 -3.68540000   -7.01830000   -1.60710000
H                 -4.91030000   -5.77120000   -2.08140000
H                 -5.40120000   -7.26760000   -1.23700000
H                 -5.87920000   -4.84090000    1.50670000
H                 -6.15390000   -4.42850000   -0.22050000
H                 -6.60470000   -6.04230000    0.42560000
H                 -3.90270000   -6.40420000    2.13810000
H                 -2.97070000   -7.23230000    0.84410000
H                 -4.68270000   -7.68400000    1.15840000
H                  5.22480000   -2.56660000    0.03260000
H                  3.91710000   -1.72560000    0.92530000
H                  5.35660000   -0.82800000    0.33530000
H                  2.87380000    0.52500000   -2.00970000
H                  2.70710000    0.24640000   -0.22280000
H                  4.21920000    0.84870000   -0.90690000
H                  4.32840000   -1.07100000   -3.38000000
H                  5.42860000   -2.22930000   -2.56510000
H                  5.63780000   -0.49090000   -2.29450000
H                  1.67340000   -7.16940000   -3.17460000
H                  1.43190000   -7.36870000   -1.38990000
H                  2.70370000   -8.28090000   -2.24130000
H                  4.73970000   -5.76720000   -0.36680000
H                  3.19190000   -6.43450000    0.25220000
H                  4.36110000   -7.49070000   -0.61180000
H                  5.07040000   -5.45880000   -2.93010000
H                  3.74650000   -5.91370000   -4.05510000
H                  4.69290000   -7.17940000   -3.19910000
H                 -1.42500000    1.61390000    6.10190000
H                 -2.92490000    1.60420000    5.11710000
H                 -2.89120000    2.44980000    6.70260000
H                 -2.88500000    5.29100000    4.21500000
H                 -3.88130000    3.77840000    4.18610000
H                 -3.65300000    4.66390000    5.70350000
H                 -0.60990000    5.29330000    5.53040000
H                 -0.14480000    3.83860000    6.48150000
H                 -1.60590000    4.73650000    6.91760000
O                  1.05250000    1.94930000    0.53470000
O                 -1.12650000    0.82160000   -1.36990000
H                 -0.55880000   -2.74010000    3.08500000
H                  3.34960000   -0.28640000    2.93620000
H                  1.66700000   -0.37340000    3.55420000
O                 -0.95670000   -1.33950000   -0.05600000
H                  1.79430000    1.38630000    0.79350000

1 2 2.0 6 1.0 61 1.0
2 3 1.0 45 1.0
3 4 2.0 62 1.0
4 5 1.0 7 1.0
5 6 2.0 147 1.0
6 29 1.0
7 8 1.0 63 1.0 64 1.0
8 9 2.0 13 1.0
9 10 1.0 65 1.0
10 11 2.0 53 1.0
11 12 1.0 66 1.0
12 13 2.0 49 1.0
13 14 1.0
14 28 1.0
15 16 2.0 20 1.0 67 1.0
16 17 1.0 37 1.0
17 18 2.0 68 1.0
18 19 1.0 21 1.0
19 20 2.0 143 1.0
20 33 1.0
21 22 1.0 69 1.0 70 1.0
22 23 2.0 27 1.0
23 24 1.0 71 1.0
24 25 2.0 57 1.0
25 26 1.0 72 1.0
26 27 2.0 41 1.0
27 142 1.0
28 143 1.0 147 1.0
29 30 1.0 31 1.0 32 1.0
30 73 1.0 74 1.0 75 1.0
31 76 1.0 77 1.0 78 1.0
32 79 1.0 80 1.0 144 1.0
33 34 1.0 35 1.0 36 1.0
34 81 1.0 82 1.0 83 1.0
35 84 1.0 85 1.0 86 1.0
36 87 1.0 88 1.0 89 1.0
37 38 1.0 39 1.0 40 1.0
38 90 1.0 91 1.0 92 1.0
39 93 1.0 94 1.0 95 1.0
40 96 1.0 97 1.0 98 1.0
41 42 1.0 43 1.0 44 1.0
42 99 1.0 100 1.0 101 1.0
43 102 1.0 145 1.0 146 1.0
44 103 1.0 104 1.0 105 1.0
45 46 1.0 47 1.0 48 1.0
46 106 1.0 107 1.0 108 1.0
47 109 1.0 110 1.0 111 1.0
48 112 1.0 113 1.0 114 1.0
49 50 1.0 51 1.0 52 1.0
50 115 1.0 116 1.0 117 1.0
51 118 1.0 119 1.0 120 1.0
52 121 1.0 122 1.0 123 1.0
53 54 1.0 55 1.0 56 1.0
54 124 1.0 125 1.0 126 1.0
55 127 1.0 128 1.0 129 1.0
56 130 1.0 131 1.0 132 1.0
57 58 1.0 59 1.0 60 1.0
58 133 1.0 134 1.0 135 1.0
59 136 1.0 137 1.0 138 1.0
60 139 1.0 140 1.0 141 1.0
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142 148 1.0
143
144
145
146
147
148
麻烦帮我看看这个吧，还是出错了，L202，说原子距离太近：Small interatomic distances encountered:
     2    1      NaN
Atoms too close.
这个是指1号和2号原子距离出问题了么？苯环里几个原子距离都有1.34A左右，我都卡在这好久了，也解决不了。。。
赞一下 回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : 1-opt-1.log
    • 2013-12-03 10:49:52, 32.41 M
多多和大家探讨电化学的问题
4楼2013-12-03 10:48:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭