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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » BsaI的酶切位点怎么看？
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aoda123

木虫 (正式写手)

[求助] BsaI的酶切位点怎么看？

求助，BsaI的酶切位点怎么看？
   5’.....GGTCTC（N）1.....3‘
   3’.....CCAGAG（N）5......5‘
      上面的N代表什么啊？
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身体健康，工作顺利
1楼 2013-11-11 19:22:41
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aoda123

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by anyaxiong at 2013-11-11 14:07:56
N 代表没有测定的碱基。比如在测序过程中出现gap，那么这一段都用N来代替这些还没有测序、尚不明确的碱基。U不会出现在DNA序列中。U在分子生物学中表示碱基时只代表尿嘧啶。还有，提供给楼主一些常用的简并碱基代码 ...

那么，N后面的1或者5代表什么呢？
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身体健康，工作顺利
4楼2013-11-11 21:33:57
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anyaxiong

铁杆木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+3, 鼓励交流！ 2013-11-11 21:29:19
N 代表没有测定的碱基。比如在测序过程中出现gap，那么这一段都用N来代替这些还没有测序、尚不明确的碱基。U不会出现在DNA序列中。U在分子生物学中表示碱基时只代表尿嘧啶。还有，提供给楼主一些常用的简并碱基代码。也就是说，可以用一个字母表示几种碱基。简并/混合碱基 A+C+G → V简并/混合碱基 A+T+G → D简并/混合碱基 T+C+G → B简并/混合碱基 A+T+C → H简并/混合碱基 A+T → W简并/混合碱基 C+G → S简并/混合碱基 T+G → K简并/混合碱基 A+C → M简并/混合碱基 C+T → Y简并/混合碱基 A+G → R简并/混合碱基 A+G+C+T → N楼主所说的N，其实就是最后一种情况，N可以代表A G C T 中的任何一个，常用在测序结果的gap中，以及设计简并引物的过程中。
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爱拼才会赢
2楼2013-11-11 20:07:56
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gyesang

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
N代表任意碱基，BsaI切割位点在识别序列后面，跟位置有关，跟具体是什么碱基无关
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学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
3楼2013-11-11 21:30:31
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gyesang

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by aoda123 at 2013-11-11 21:33:57
那么，N后面的1或者5代表什么呢？...

意思就是  5’.....GGTCTCN^NNNNN .....3‘
              3’. ....CCAGAGNNNNN^N......5‘  
这个符号^表示cut
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学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
5楼2013-11-12 01:34:12
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