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li41728501银虫 (初入文坛)
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GC skew结果分析
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刚刚将测序的contig连接得到一个完整的蓝细菌基因组，准备对其进行分析，网上说GC偏移是其中一个很重要的指标，特别对于环状基因组来说，能够确定其复制起点（累计偏移最小值）和终点（累计偏移最大值）。如图所示，我计算出来在2,963,761 bp 处累计偏移值最小且小于0，是不是就意味着细菌基因组是在这个点开始复制的，如果后面进行orf预测和基因注释的话这个点是不是就作为第一个碱基。另外在2,381,821 bp 处是最大值且大于0，按照定义这个就是终点，那他们之间还有几十万bp怎么解释，还是说不用管这个最大值，只要找到起始位点就可以，反正是一个环状，起始位点往前一位就是其终点，这样理解不知道对不对。 GCSkew.jpg |
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