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一路向南_J

铁虫 (初入文坛)

[求助] [求助]PCR后跑胶结果如图,请大家帮忙分析一下,谢谢各位

提取RNA后反转录获cDNA,再进行PCR,跑胶后结果如图(目的片段280左右)。marker左边是用PCR mix做的,,前三个是样品(模板量为3ul,引物1ul),第四个是质粒做阳性对照(模板量为1ul,引物1ul);marker右边是用Taq酶做的,前三个是样品(PCR buffer2.5ul,Mg1.5ul,dNTP 0.5ul,酶0.5ul,引物为0.5ul,模板5ul),第四个是质粒做阳性对照(PCR buffer2.5ul,Mg1.5ul,dNTP 0.5ul,酶0.5ul,引物为0.5ul,模板1ul),第五个是质粒做阳性对照(PCR buffer2.5ul,Mg1.5ul,dNTP 0.5ul,酶0.5ul,引物为1ul,模板1ul)。退火温度为56度,延伸时间为45秒,30个循环。
请各位帮我分析一下,用mix做的为什么会在点样空处特别亮?用Taq酶做的那一片亮是目的条带吗?应如何改进?
谢谢各位了!!
[求助]PCR后跑胶结果如图,请大家帮忙分析一下,谢谢各位
Administrator 2013-11-04 19hr 08min.jpg
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一路向南_J

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-11-05 09:27:34
感觉模板用量太大。RNA反转录前跑胶了吗?一般反转录后的cDNA需要稀释5-10倍后取1μl为模板PCR。即使不稀释,用原液也不要3μl。是否用该cDNA为模板P其他基因,如内参?

谢谢回贴!我会减小模版的量再试一下。反转录前没跑胶,看网上说RNA跑胶易降解,没跑过,用RNA需要跑多长时间?跑出来应该是什么样的?另外,这内参指什么?没做过这个。。。还有,该PCR的退火温度需要改变吗?谢谢您的解答!
3楼2013-11-05 21:24:47
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

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gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2013-11-05 11:57:10
感觉模板用量太大。RNA反转录前跑胶了吗?一般反转录后的cDNA需要稀释5-10倍后取1μl为模板PCR。即使不稀释,用原液也不要3μl。是否用该cDNA为模板P其他基因,如内参?
2楼2013-11-05 09:27:34
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2013-11-06 10:25:03
引用回帖:
3楼: Originally posted by 一路向南_J at 2013-11-05 21:24:47
谢谢回贴!我会减小模版的量再试一下。反转录前没跑胶,看网上说RNA跑胶易降解,没跑过,用RNA需要跑多长时间?跑出来应该是什么样的?另外,这内参指什么?没做过这个。。。还有,该PCR的退火温度需要改变吗?谢谢 ...

跑胶可以看RNA的完整性,是否有gDNA的污染。用较高电压跑10分钟左右。跑出来的是rRNA,主要是三条带。是不是内参不重要,主要是看一个肯定表达的基因,用你的cDNA是不是能P出来,确保cDNA样品的质量。
4楼2013-11-06 03:17:50
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一路向南_J

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-11-06 03:17:50
跑胶可以看RNA的完整性,是否有gDNA的污染。用较高电压跑10分钟左右。跑出来的是rRNA,主要是三条带。是不是内参不重要,主要是看一个肯定表达的基因,用你的cDNA是不是能P出来,确保cDNA样品的质量。...

好的,谢谢您的高见,我跑RNA试一下。
5楼2013-11-07 20:09:01
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