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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 系统发育树的解读
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zhangxingc

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by lxj341401 at 2013-10-29 20:16:02
是进化树可信度评估的自举值，一般认为，当一个给定的内部树枝的自举值为95%或者更高，那么这个树枝的拓扑结构就可以认为是正确的。

如我的图中右侧红圈内，100指的是那两大块是啥关系啊？
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IwanttoaccompanyyoumorethanyouknowbutIcann't
11楼2013-10-30 09:44:44
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dingzhuang

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+3, 鼓励交流！ 2013-10-30 22:15:26
gyesang: 回帖置顶 2013-10-30 22:15:27
zhangxingc: 金币+5, ★★★很有帮助, 感谢应助 2013-11-12 09:02:22
自展值（bootstrap value）。100为最高，产生过程和系统树建立时的对比运算有关。反映系统树以及系统距离的可信性，就是楼上说的正确性。
比如，图中的ATCC367T形成了一个进化距离很远的分枝，但是自展值只有不算高的86。假设这个是新种，恐怕在论文中也不能当有力论据。
另外，自展值在不同的运算模型中可能有不同的结果。
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实验！成果！文章！毕业！工作！
12楼2013-10-30 09:55:50
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Davidzjy

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2013-10-30 22:15:48
这个相关系数会根据不同的算法而得到不同的数据
具体的意义你要去查阅你所用工具（软件）的介绍 以及对应介绍方法的paper
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13楼2013-10-30 10:25:49
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yuren2009

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
zhangxingc: 金币+1, ★有帮助, 感谢应助 2013-11-12 09:01:45
是指分到同一类的支持率，也可以隐去。
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学习使你立于不败之地
14楼2013-10-30 19:36:40
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Jiayunzhe

金虫 (初入文坛)
★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2013-10-30 22:15:57
他应该是软件确定该节点产生分支的可信度。。。似乎必须＞70%或50%才表明有参考价值
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15楼2013-10-30 19:58:45
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woody196

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
zhangxingc: 金币+1, ★有帮助, 感谢应助 2013-11-12 09:01:21
这个也叫bootstrap,也就是分支的自展支持率，当然数值越大表明这个分支就是最可能的分化结果。
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16楼2013-11-01 08:56:25
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muji9908

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
zhangxingc: 金币+4, ★★★很有帮助, 500次？是自动计算吗 2013-11-15 09:02:29
bootstrap value.所有生物树建构软件都有这个功能。用来检验生物树的可靠性。我印象中软件把你的序列通过一种叫permutation的方法重组，然后每次都构建一个生物树。然后通过比较这些生物树计算每个序列在这个位置的几率。几率越高说明这个生物在这个位置的可靠性越高。
一般最少要计算500次
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17楼2013-11-14 18:54:52
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muji9908

铁虫 (小有名气)
你告诉软件你要多少次，她就算多少次。次数越多，花的时间越久
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18楼2013-11-15 10:05:15
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zhangxingc

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
18楼: Originally posted by muji9908 at 2013-11-15 10:05:15
你告诉软件你要多少次，她就算多少次。次数越多，花的时间越久

哦
这样子的呀，有点复杂啊
我只需要这个数值的确切含义，确认我在给讲解时不要误导我的听众
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IwanttoaccompanyyoumorethanyouknowbutIcann't
19楼2013-11-22 09:37:23
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malstose

金虫 (正式写手)
我想请教一个问题，比如这个进化树里面，第一行的两个序列，YL-0102及YL-0101两者横坐标上的长度不同代表什么意思呢？就像是最下面三个序列，YL-0201和其下面的两条在横轴上的长度不同，我看网上说是进化距离，但不太清楚如何解释这个词，在同一支或不同支上如何解释？先谢过！！！
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20楼2015-12-06 22:34:14
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