24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 3656  |  回复: 15
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

珍维永久

金虫 (小有名气)

[求助] 初学者求助-分子对接 问题

最近想学习DS中的Flexible Docking,可是定义蛋白时就出现问题了,请教各位大侠了!
      我从PDB数据库中下载下来蛋白的复合物,将其中的水分子和配体都删除了,也对其进行了加氢处理,在定义蛋白为受体的时候出现“The selected molecule contains alternate conformation. You should remove the alternate conformations before defining it as a receptor.”可是我不知道从哪可以删除构象啊。
     麻烦大家帮我看看啊,附件里是我DS中的蛋白。
初学者求助-分子对接 问题
12.png
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

monsoncupid

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导! 2013-10-30 18:56:03
引用回帖:
8楼: Originally posted by 珍维永久 at 2013-10-28 14:18:23
你好,我在定义蛋白分子为受体时,有时会出现“The specified receptor has incomplete valence atoms that could affect the calculation.”的问题,我从Structure→Monitor→valence强调这些原子后怎么做呢?准备 ...

这个就是你的受体分子中有未完成的共价键,monitor的用意是告诉你那个缺键的原子在哪里,一般情况来讲可能是ligands未加氢,手动加上去就行了,一般不用管它也可以
宅若久时天然呆,呆到深处自然萌
9楼2013-10-29 15:26:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 16 个回答

monsoncupid

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导! 2013-10-29 14:29:48
这个好办,只要clean protein就行了,需要注意的是clean protein 的参数需要设置,在edit→preference→protein ultilities→clean protein 在里面把能够选的都勾上,其中有一项名字叫correct problems→alternate conformation,只要把它选上你这个问题就解决了
宅若久时天然呆,呆到深处自然萌
2楼2013-10-25 19:11:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

monsoncupid

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导! 2013-10-29 14:30:02
珍维永久: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2013-11-04 21:20:25
这个是截图,设置好之后再clean protein就行了
初学者求助-分子对接 问题-1
a3.png

宅若久时天然呆,呆到深处自然萌
3楼2013-10-25 20:16:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

珍维永久

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by monsoncupid at 2013-10-25 20:16:02
这个是截图,设置好之后再clean protein就行了

a3.png

O(∩_∩)O谢谢,能不能给我介绍一下做分子对接的一般步骤呢,最好能详细点,我自己找的资料感觉缺少好多步骤呢,谢谢了。
4楼2013-10-25 20:47:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 调剂 +3 李嘉图·S·路 2026-03-27 3/150 2026-03-27 11:19 by wangjy2002
[考研] 085701环境工程,267求调剂 +6 minht 2026-03-26 6/300 2026-03-27 11:18 by 柠七七七
[考研] 085600,材料与化工321分调剂 +3 大馋小子 2026-03-27 4/200 2026-03-27 10:43 by guoweigw
[考研] 333求调剂 +6 wfh030413@ 2026-03-23 6/300 2026-03-26 22:45 by 学员8dgXkO
[考研] 一志愿河工大 081700 276求调剂 +4 地球绕着太阳转 2026-03-23 4/200 2026-03-26 14:27 by zzll406
[材料工程] 一志愿C9材料与化工专业总分300求调剂 +5 曼111 2026-03-24 6/300 2026-03-26 13:04 by 13756423260
[考研] 一志愿哈工大,085400,320,求调剂 +4 gdlf9999 2026-03-24 4/200 2026-03-25 23:01 by boxking200
[考研] 一志愿南航 335分 | 0856材料化工 | GPA 4.07 | 有科研经历 +6 cccchenso 2026-03-23 6/300 2026-03-25 22:25 by 544594351
[考研] 334分 一志愿武理-080500 材料求调剂 +4 李李不服输 2026-03-25 4/200 2026-03-25 21:26 by 星空星月
[考研] 302求调剂 +4 锦衣卫藤椒 2026-03-25 4/200 2026-03-25 16:29 by 功夫疯狂
[考研] B区考研调剂 +4 yqdszhdap- 2026-03-22 5/250 2026-03-25 08:51 by baoball
[考研] 070300化学求调剂 +9 苑豆豆 2026-03-20 9/450 2026-03-24 17:15 by licg0208
[考研] 080500求调剂 +3 zzzzfan 2026-03-24 3/150 2026-03-24 16:38 by barlinike
[考研] 305分求调剂(食品工程) +5 Sxy112 2026-03-21 7/350 2026-03-24 12:27 by 544594351
[考研] 344求调剂 +3 desto 2026-03-24 3/150 2026-03-24 10:09 by 搏击518
[考研] 环境学硕288求调剂 +8 皮皮皮123456 2026-03-22 8/400 2026-03-23 23:47 by 热情沙漠
[考研] 材料/农业专业,07/08开头均可,过线就行 +3 呵唔哦豁 2026-03-23 4/200 2026-03-23 22:30 by 汪!?!
[考研] 一志愿重庆大学085700资源与环境,总分308求调剂 +7 墨墨漠 2026-03-23 8/400 2026-03-23 20:36 by Creta
[考研] 336化工调剂 +4 王大坦1 2026-03-23 5/250 2026-03-23 18:32 by allen-yin
[考研] 初试 317 +7 半拉月丙 2026-03-20 7/350 2026-03-21 22:26 by peike
信息提示
请填处理意见