GO分析和KEGG pathway分析 - 分子生物 - 综合其他 - 第2页小木虫论坛-学术科研互动平台

思想极度邪恶，勿怕勿怪！\(^o^)/~

11楼2013-11-26 12:17:31

drs1998

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11楼: Originally posted by asr at 2013-11-26 12:17:31
人的话，那用DAVID就可以了...

多谢，我先去看看，不懂的再来请教，多谢！

12楼2013-11-27 08:33:05

libranjie

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blastp

http://www.genome.jp/kegg/tool/map_pathway2.html
如果你输入了合适的可以识别的ID，例如KO编号，加颜色，将基因组的基因对应的KO编号输入KEGG就会得到图片，
其中存在的呈色彩，不通、不存在的用黑色表示。
要看菌株的，先进行比对，然后得到KO编号，在pathway里面有空白图片，mapxxxxx.conf里面有对应的位置，color上就可以了。

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13楼2013-12-26 17:10:24

drs1998

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13楼: Originally posted by libranjie at 2013-12-26 17:10:24
blastp

http://www.genome.jp/kegg/tool/map_pathway2.html
如果你输入了合适的可以识别的ID，例如KO编号，加颜色，将基因组的基因对应的KO编号输入KEGG就会得到图片，
其中存在的呈色彩，不通、不存在的用黑色 ...

谢谢，不太明白，我先试试

14楼2013-12-26 19:22:16

hxn316

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我想做这个，不知道有人知道了么，我也着急呀

15楼2014-03-04 21:18:19

cpu_lzy

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我也要做这个，求高人讲解！

16楼2014-04-08 22:15:39

xingzhou823

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一般我们获得差异表达基因之后，做的是GO功能富集分析。不仅可以做GO功能富集分析，还可以做pathway富集分析。目的是获得差异表达基因所富集的生物学功能。
常用的工具有DAVID、webgestalt等，也可以是中文工具“云生信”（http://www.biocloudservice.com），他们使用的都是 fisher检验法计算pvalue。

你，长大了吗？~有目的的希望小木虫不要倒闭

17楼2015-03-05 10:38:33