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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » GO分析和KEGG pathway分析
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asr

荣誉版主 (知名作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
10楼: Originally posted by drs1998 at 2013-11-26 09:34:17
我做了蛋白质差异分析，从里面找到了30个表达差异的蛋白，想对这30个表达差异的蛋白再进一步分析，比如亚细胞定位、信号通路分析等等，现在感觉我从下手，找书看都不知道从哪里找，请多多帮忙...

人的话，那用DAVID就可以了
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思想极度邪恶，勿怕勿怪！\(^o^)/~
11楼2013-11-26 12:17:31
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drs1998

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
11楼: Originally posted by asr at 2013-11-26 12:17:31
人的话，那用DAVID就可以了...

多谢，我先去看看，不懂的再来请教，多谢！
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12楼2013-11-27 08:33:05
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libranjie

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
blastp

http://www.genome.jp/kegg/tool/map_pathway2.html
如果你输入了合适的可以识别的ID，例如KO编号，加颜色，将基因组的基因对应的KO编号输入KEGG就会得到图片，
其中存在的呈色彩，不通、不存在的用黑色表示。
要看菌株的，先进行比对，然后得到KO编号，在pathway里面有空白图片，mapxxxxx.conf里面有对应的位置，color上就可以了。
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13楼2013-12-26 17:10:24
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drs1998

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
13楼: Originally posted by libranjie at 2013-12-26 17:10:24
blastp

http://www.genome.jp/kegg/tool/map_pathway2.html
如果你输入了合适的可以识别的ID，例如KO编号，加颜色，将基因组的基因对应的KO编号输入KEGG就会得到图片，
其中存在的呈色彩，不通、不存在的用黑色 ...

谢谢，不太明白，我先试试
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14楼2013-12-26 19:22:16
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hxn316

铁虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我想做这个，不知道有人知道了么，我也着急呀
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15楼2014-03-04 21:18:19
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cpu_lzy

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我也要做这个，求高人讲解！
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16楼2014-04-08 22:15:39
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xingzhou823

木虫 (正式写手)

五道杠
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
一般我们获得差异表达基因之后，做的是GO功能富集分析。不仅可以做GO功能富集分析，还可以做pathway富集分析。 目的是获得差异表达基因所富集的生物学功能。
常用的工具有DAVID、webgestalt等，也可以是中文工具“云生信”（http://www.biocloudservice.com），他们使用的都是 fisher检验法计算pvalue。
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你，长大了吗？~有目的的希望小木虫不要倒闭
17楼2015-03-05 10:38:33
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longxu711712

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
10楼: Originally posted by drs1998 at 2013-11-26 09:34:17
我做了蛋白质差异分析，从里面找到了30个表达差异的蛋白，想对这30个表达差异的蛋白再进一步分析，比如亚细胞定位、信号通路分析等等，现在感觉我从下手，找书看都不知道从哪里找，请多多帮忙...

我现在也想做亚细胞定位，信号通路分析，可否赐教。
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18楼2015-03-24 14:50:52
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haze12344

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
10楼: Originally posted by drs1998 at 2013-11-26 09:34:17
我做了蛋白质差异分析，从里面找到了30个表达差异的蛋白，想对这30个表达差异的蛋白再进一步分析，比如亚细胞定位、信号通路分析等等，现在感觉我从下手，找书看都不知道从哪里找，请多多帮忙...

你试试上DAVID这个网站试下，用uniprot的蛋白号就可以进行多个蛋白的功能定位了
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生物你好
19楼2015-03-25 11:07:34
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