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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 有没有研究淀粉方面分子动力学的大牛啊、本人菜鸟太多问题、需要帮助啊！！！
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三木713

新虫 (小有名气)

[求助] 有没有研究淀粉方面分子动力学的大牛啊、本人菜鸟太多问题、需要帮助啊！！！

有没有人研究淀粉、或是碳水化合物方面的、其他的也行、只要是比较熟悉gromacs的同学、希望能找几个人帮助我、、本人是学食品的、跟计算机材料什么的本来就不怎么了解、可是要做分子动力学、所以希望能找人教我指导我。已经自己学习了3个月了、研究学习别人案例了很久、现在开始做自己的课题、一上来就是问题、很苦恼。。。。。
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1楼 2013-10-24 17:05:07
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阿德

金虫 (正式写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by 三木713 at 2013-10-29 08:48:36
我现在做最简单的直链淀粉、可是画结构出pdb格式到gromacs里总说残基找不到、你会用gaussview或是materials studio画么？50个单元的就可以了、、求助啊...

我也不会，不过可以交流下，我们实验室有人做，279096911

[ 发自小木虫客户端 ]
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12楼2013-10-29 09:29:58
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vatano

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
三木713: 金币+2, ★有帮助 2013-10-26 09:37:26
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-10-29 14:34:19
淀粉、碳水化合物、纤维素、木质素等的分子动力学研究还是挺多人做的，这是一个大方向，文献也挺多。我曾经用CHARMM做过这方面的计算。CHARMM里头目前这方面的力场参数也都有了。GROMACS的应该也有。在产生单链多聚物后，再根据具体要求是有序重叠还是随机的，就可以模拟了。
我看你的问题不在于是否是淀粉体系，其实还是先了解掌握分子动力学模拟吧
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2楼2013-10-25 09:55:17
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阿德

金虫 (正式写手)
你是做淀粉的？

[ 发自小木虫客户端 ]
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3楼2013-10-25 16:37:20
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三木713

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by vatano at 2013-10-25 09:55:17
淀粉、碳水化合物、纤维素、木质素等的分子动力学研究还是挺多人做的，这是一个大方向，文献也挺多。我曾经用CHARMM做过这方面的计算。CHARMM里头目前这方面的力场参数也都有了。GROMACS的应该也有。在产生单链多聚 ...

我要做的是淀粉老化机理方面、要是要我用gromacs做、可我们实验室是纯做食品的、没人做过分子动力学方面的、周围也没人做过、是应该掌握分子模拟、关键是自己需要个人指导一下、一模拟就出错、很苦恼
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4楼2013-10-26 09:33:36
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