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月只蓝主管区长 (职业作家)
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MS Discover计算纯表面的问题 已有1人参与
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一直用MS Discover模块，没有注意过这个问题，直到今天有个同学问起。 问题是这样的，MS Discover自带的教程，该教程目录如下 Help --> Tutorials --> Discover tutorials --> Polymer interactions with a metal oxide surface 跟着这个教程，一步步地做，一直做到附图1中的红框部分，此时教程的意思是，优化Al2O3的 (0 0 -1)晶面。按教程里面的操作，是在晶体导入之后，直接切面得(0 0 -1)晶面，然后直接地对该晶面进行优化(没有做诸如添加真空层之类的操作)。 优化完后，得到如附图2的结果，从附图2中的红框可以看到，优化前后，该晶面确实被优化了，因为总能量从初始的-456左右，下降到了-8532左右。 问题是这样出现的，既然上面说到该晶面被优化了，而且优化能量变化得很大，那么应该能从优化前后的结构中观察到区别，观察结果如附图3所示，附图3中，左边的晶面是优化之后的，右边的是优化之前的，目测来看，看不见差异，一点差异都看不出来。考虑到目测的误差，于是，计算优化后的晶面的能量，如附图4中所示，附图4中，左图是优化前后的能量对比，右图优化后的晶面的能量，可以看到，优化后的晶面的能量，与优化前的一模一样！ 也就是说，对 (0 0 -1)晶面作优化后，输出的晶面结构和初始的是一样的。这个时候，我们会想到，是不是优化后的结构没有及时地更新呢？同时考虑到，优化计算的过程时间很短，所以，在discover的setup中，作了如附图5的设置。 结果还是和上述的一样：Discover对纯晶面优化的时候，尽管输出文件.out中，会给出优化前后能量的差异，但是输出的结构不会更新。 为了排除教程所涉及体系的特殊性，又对其他的晶体进行了类似计算，发现Discover 对不添加真空层的纯表面，全部出现上述情况。 而且，我使用MS6.0 MS6.1两个版本重复了上述计算，出现一模一样的情况。 但是一旦给这个晶面加上真空层，使其从二维变到三维后，结算后输出的结构就会更新。 综上所述，现在的问题是，Discover对纯晶面优化后，输出的结构不会更新，今天被这个问题困扰了。 请使用Discover的朋友给予解答，金币奉上！  1.png  2.png  3.png  4.png  5.png [ Last edited by 月只蓝 on 2013-10-20 at 18:51 ] |
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月只蓝: 金币+3, 鼓励交流！ 2014-03-04 16:50:31
月只蓝: 金币+3, 鼓励交流！ 2014-03-04 16:50:31
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初步试下来可能是fix cartesian position的原因 教程中minimize操作解除了之前部分原子cartesian position的fix，minimize前后结构的能量表达式改变，所以虽然结构看起来一样，但是能量计算方式不同，结果不同 MS6.1 win7x64 按教程步骤确实发现最后结构没有变化，但是out文件的能量不一样 试了下fix cartesian position的影响 操作步骤 cleave surface——forcefield type assign——分别保存两个文件，一个对部分原子限定笛卡尔坐标，一个不做限定——删除所有化学键 forcite模块task为energy——charge use current，forcefield中取消calculate automatically——计算两个结构的能量 到目前为止，可以肯定两个结构是完全一样，只是一个结构部分原子被限定，另一个部分原子不被限定 forcite计算两个结构能量显示不一样  另外 教程中，输入文件里是有笛卡尔坐标限定的，但是打开结果文件夹的xsd，坐标是不限定的。可以选择部分原子，modify——constaints观察结果文件是否被打勾 关于fix cartesian position 可以在help里找到解释 Fixing atoms You can use atom constraints to fix the atomic coordinates of selected atoms during simulations. Fixing atoms simplifies the energy expression, since interactions between fixed atoms are constant and can be ignored. This decreases computational expense of the calculations. |
8楼2014-03-03 22:57:59
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