版块导航: 正在加载中...

登录注册

应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜

>论坛更新日志 (1167)
>导师招生 (183)
>考研 (124)
>论文投稿 (52)
>基金申请 (30)
>虫友互识 (30)
>硕博家园 (22)
>考博 (18)
>博后之家 (15)
>论文道贺祈福 (13)
>找工作 (12)
>第一性原理 (10)
>教师之家 (10)
>文献求助 (10)
>公派出国 (7)
>休闲灌水 (5)

返回列表

dear白

金虫 (小有名气)

应助: 1 (幼儿园)
金币: 758.1
红花: 2
帖子: 151
在线: 41.9小时
虫号: 1402101
注册: 2011-09-14
专业: 动物遗传学

[求助] 关于GENBANK_ACCESSION转换成为基因名简称已有1人参与

关于GENBANK_ACCESSION转换成为基因名简称：
得到很多关于GENBANK_ACCESSION.eg:NM_024958 NM_001039140
NM_001012426 NM_006943 NM_001178133 NM_052876 NM_003307 ，..................................由于很多，所以没办法一个个去查，先转换成基因的简写，eg：PFN2 BTBD1 EID2 ZNF267 GHITM LCOR

请大师支招有没有什么软件之类的能大批量转换，或者从基因简称转换成为GENBANK_ACCESSION也可以。谢谢~~~~~~~~~~~

回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

幼稚问题一个，在Genbank上查某基因，为何会出现两个mRNA，两个CDS区？已经有12人回复
求助百度上的一篇文献：如何查找基因序列？——在Genbank中寻找目的基因的实例已经有2人回复
已拿到Genbank的accession number，想修改作者信息，怎么办？已经有3人回复

1楼 2013-10-17 13:47:36

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

cxzdsa2332

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1
帖子: 2
在线: 8.5小时
虫号: 3721373
注册: 2015-03-09

【答案】应助回帖

david应该就能转吧，直接使用复制黏贴批量拷进去一次网页上4,5万条id转换应该可以吧，如果选择上传慢得要死还不如网页上直接黏贴；但是相同id转换后貌似会自动删重复，好处是比较无脑
推荐用r，利用org.Hs.eg.db包就能做，数据库选“ACCNUM”参考这篇文章就行了http://www.bio-info-trainee.com/710.html

赞一下