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dear白

金虫 (小有名气)

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[求助] 关于GENBANK_ACCESSION转换成为基因名简称已有1人参与

关于GENBANK_ACCESSION转换成为基因名简称：
得到很多关于GENBANK_ACCESSION.eg:NM_024958 NM_001039140
NM_001012426 NM_006943 NM_001178133 NM_052876 NM_003307 ，..................................由于很多，所以没办法一个个去查，先转换成基因的简写，eg：PFN2 BTBD1 EID2 ZNF267 GHITM LCOR

请大师支招有没有什么软件之类的能大批量转换，或者从基因简称转换成为GENBANK_ACCESSION也可以。谢谢~~~~~~~~~~~

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1楼 2013-10-17 13:47:36

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cxzdsa2332

新虫 (初入文坛)

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【答案】应助回帖

david应该就能转吧，直接使用复制黏贴批量拷进去一次网页上4,5万条id转换应该可以吧，如果选择上传慢得要死还不如网页上直接黏贴；但是相同id转换后貌似会自动删重复，好处是比较无脑
推荐用r，利用org.Hs.eg.db包就能做，数据库选“ACCNUM”参考这篇文章就行了http://www.bio-info-trainee.com/710.html

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