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憨憨可爱多

木虫 (正式写手)

[求助] 求转录组测序相关文章 已有2人参与

想要做一种植物的转录组测序，但是它没有基因组测序也没有NCBI中也没有EST序列，这样的话后期分析有意义吗？
求植物方面的转录组测序相关的代表文章，好参考参考
谢谢
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1楼 2013-10-14 11:12:32
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ouou900110

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

可以用De novo测序，后采取从头组装的方法对转录组进行拼接，我也看过类似你情况的做转录组的文章，后面你可以下一些与你测序的物种亲缘性较近的有参考基因组的或者EST序列的物种，下这些参考基因组或者EST序列进行后续的分析
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12楼2014-01-16 11:08:45
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观止矣

木虫 (小有名气)

蠹虫
★ ★ ★
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2013-10-15 10:41:55
可以选择无参考基因组的转录组，虽然可能不如有参考基因组的准确，但一般来说还是有一定意义的。你首先要设计好实验，不要盲目上手，一定选好对照和实验株系，做好重复，提取RNA要过关，测序深度要适当。总之就是比较费钱，哈哈。
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做人要知足，做事要知不足，做学问要不知足。
2楼2013-10-15 09:20:17
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憨憨可爱多

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 观止矣 at 2013-10-15 09:20:17
可以选择无参考基因组的转录组，虽然可能不如有参考基因组的准确，但一般来说还是有一定意义的。你首先要设计好实验，不要盲目上手，一定选好对照和实验株系，做好重复，提取RNA要过关，测序深度要适当。总之就是比 ...

我是想做几种不同倍性的植物的转录组差异，筛选差异表达基因，这样没有参考基因容易不
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3楼2013-10-15 15:03:30
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文库构建

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
构建细菌人工染色体文库（BAC文库），建好之后筛库就行了。
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4楼2013-10-16 09:13:06
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