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树栽子047

铁虫 (初入文坛)

[求助] 请问,分子动力学模拟和分子力学模拟的区别是什么呢?

分子动力学模拟的过程,我比较了解了,希望谁说下分子力学模拟,希望能说下过程是怎样的,呵呵
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mbchen

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
月只蓝: 金币+3, 感谢指导! 2013-12-03 08:36:44
还需要提醒的是,通常往往过分夸大了分子力学的威力。
1)分子力学只能计算势能的相对值。是相对于你所研究的具体分子在其键长、键角、两面角……均为“标准值”时而言的。这是分子力学的能量零点,不同的分子的能量零点也不同,这是与量子力学方法非常不同又重要的一点。

2)量子力学方法的能量零点是其中所有电子和原子核两两均相距无穷大时的能量设为零。所以,量子力学方法可以比较不同分子之间内部相互作用势能的大小。而这点是分子力学做不到的。

3)“分子力学”总共才5、6个表达式,居然也称“……力学”,所以它是个极为夸张的名词。而翻开任何一本《……力学》的书其中包含几百个表达式是不稀罕的。只有《molecular mechanics》(1987)胆敢凭不到10个方程就称“力学”了。

4)但是,我不是小看分子力学。正如计算机领域,1980年左右是在Atari、Commerdore、苹果机等游戏机市场的威胁下,巨无霸IBM才低头做PC机的,直到今天PC机几乎盖过了巨型计算机。而在理论化学领域也是那样,本来在理论化学家眼中区区地位的分子力学出世后,尽管粗糙但却使整个科学界在屏幕上看到了活生生的分子图像。于是,出现催生了“分子模拟”、“药物设计”、“材料设计”,理论化学的地位才提高了。

附带提到:“药物设计”这个词早在1968年左右就有了。但是那与1980年代计算机之后的“药物设计”在具体思想和做法上都有了很大改变。不能同日而语。
6楼2013-10-10 11:09:45
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sciencejoy

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-12-03 08:36:19
个人理解,分子力学研究的是T=0K,体系最优的构型是什么样子的。分子动力学研究T>0K,通过分子运动的动力学统计出体系的宏观性质。
2楼2013-10-09 22:55:02
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-12-03 08:36:25
分子力学不能模拟 只能优化 通过一些算法得到体系能量的极小值或者全局最小值

比较常见的应用是团簇结构优化或者有机大分子结构优化
3楼2013-10-10 00:55:20
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树栽子047

铁虫 (初入文坛)

可以简单叙述下过程吗

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
严于律己,宽于待人
4楼2013-10-10 07:49:59
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