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请问，分子动力学模拟和分子力学模拟的区别是什么呢？
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| 分子动力学模拟的过程，我比较了解了，希望谁说下分子力学模拟，希望能说下过程是怎样的，呵呵 |
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sciencejoy
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分子力学和分子动力学模拟是两个概念。归结如下： 1）分子力学只是一个粗略计算分子能量的方法。至于你说的“分子力学模拟”只能理解为用分子力学计算指定结构的能量。若将“分子力学”与“能量优化方法”两者结合，则就可以改变分子结构，从给定的分子结构开始，逐步改变结构寻找最近邻的能量的局部极小点。 2）分子动力学模拟是个真正可以将分子结构动起来的方法，至于其中需要哪个方法计算每一步的能量，可以有多种选择。只不过目前大多数选择分子力学计算而已。而选用量子力学方法计算能量太耗计算资源。分子动力学可以跨域势能面位垒，所以可以达到相空间中远处的状态，于是可以寻找全局的能量最低点，而不仅是“能量优化方法”寻找的最近的局部极小点。 3）称得上“模拟”的方法，其实只有分子动力学、Monte Carlo方法两种。其他如元胞自动机方法、遗传算法等的重要性较小。 |
5楼2013-10-10 10:22:27
mbchen
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还需要提醒的是，通常往往过分夸大了分子力学的威力。 1）分子力学只能计算势能的相对值。是相对于你所研究的具体分子在其键长、键角、两面角……均为“标准值”时而言的。这是分子力学的能量零点，不同的分子的能量零点也不同，这是与量子力学方法非常不同又重要的一点。 2）量子力学方法的能量零点是其中所有电子和原子核两两均相距无穷大时的能量设为零。所以，量子力学方法可以比较不同分子之间内部相互作用势能的大小。而这点是分子力学做不到的。 3）“分子力学”总共才5、6个表达式，居然也称“……力学”，所以它是个极为夸张的名词。而翻开任何一本《……力学》的书其中包含几百个表达式是不稀罕的。只有《molecular mechanics》(1987)胆敢凭不到10个方程就称“力学”了。 4）但是，我不是小看分子力学。正如计算机领域，1980年左右是在Atari、Commerdore、苹果机等游戏机市场的威胁下，巨无霸IBM才低头做PC机的，直到今天PC机几乎盖过了巨型计算机。而在理论化学领域也是那样，本来在理论化学家眼中区区地位的分子力学出世后，尽管粗糙但却使整个科学界在屏幕上看到了活生生的分子图像。于是，出现催生了“分子模拟”、“药物设计”、“材料设计”，理论化学的地位才提高了。 附带提到：“药物设计”这个词早在1968年左右就有了。但是那与1980年代计算机之后的“药物设计”在具体思想和做法上都有了很大改变。不能同日而语。 |
6楼2013-10-10 11:09:45
walkhf
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非常感谢，增加知识了。因此顶一下。 8楼2013-12-02 20:11:16
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