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金虫 (小有名气)

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[求助] 基因上游序列结构分析已有1人参与

最近老师让分析目的基因的上游序列，主要是启动子什么的，用什么软件啊

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1楼 2013-09-27 18:56:54

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ALICEzz

新虫 (初入文坛)

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【答案】应助回帖

对于启动子区的查找，转录起始位点上游2-3kb都有可能是启动子区。首先因为启动子序列在在mRNA中不存在，所以要先查找提供基因组序列的数据库，如：UCSC。在UCSC中可以设置上游2000bp,然后设置外显子用大写字母显示，这样很直观的就可以看到第一个启动子以前几kb的序列，然后可以截取上游2000bp以及之后的几百bp用一些启动子分析软件比如promoter 2.0 或者bimas,这些可以给出TSS的位置，综合各软件预测结果自己分析一下。另外转录起始区还有个重要特征就是cpG岛，可以用CpGplot预测CpGisland的位置，再就是根据自己经验找比如TATA box等的位置，也可以进一步确认一下。

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