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如何构建进化树？构建后如何分析？
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| 各位大神，我现在有测序后所得到的碱基序列，请问blast时如何选取比对序列？有什么原则吗？通常一个序列选取几个比对序列呢？如果比对出来的不合适是不是可以不选呢？我的序列是DGGE切胶回收，又经PCR纯化后送去测序的，测序时要求每个板挑3个白斑。比对完之后用clustalx和mega建树，建树之后就可以了吗，还用不用分OTU什么的？之后怎么对其进行分析呢？谢谢！ |
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
wangdongadd(myprayer代发): 金币+3, 赠人玫瑰，手有余香。分子生物期待你更多精彩 。 2013-09-24 21:28:27
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| 不知道楼主的研究方向，我是研究流感的前一段时间刚好在化树，可以直接用blast比对，但是在选取对比序列的时候推荐多看你方向里别人发文章画的树选的序列，有一定的参考价值，因为选序列要具有一定的代表性不能随便选，不然就是浪费时间，选好序列之后就是对比了，先用类似BIOSEDIT等软件做对齐，然后直接用mega切平，然后用最大相似度，BS值1000画，有些慢，推荐用台式机，笔记本配置不高你会哭的```````因为不了解具体情况就只能说这么多了 |
2楼2013-09-23 17:09:50
3楼2013-09-23 19:40:50
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