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jly0081

金虫 (正式写手)

[求助] 在sybyl中构建金属配合物,需要什么样的命令可以识别金属原子啊?

在sybyl中构建金属配合物,需要什么样的命令可以识别金属原子啊?请帮忙,谢谢!
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jly0081

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by winterose_ at 2013-09-11 06:22:14
除了sybyl中已经提供的几种常用金属原子,如Mn等,其它的貌似是没有原子参数的。如果你的配位金属在分子内部,只是做对接,不运行动力学,我采用过的办法是定义这个原子是Du,意思是不明原子,但有体积和三维坐标,然 ...

sybyl中有提供钌原子吗
4楼2013-09-11 09:09:10
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winterose_

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jly0081: 金币+2, 有帮助, 谢谢! 2013-09-11 09:09:31
除了sybyl中已经提供的几种常用金属原子,如Mn等,其它的貌似是没有原子参数的。如果你的配位金属在分子内部,只是做对接,不运行动力学,我采用过的办法是定义这个原子是Du,意思是不明原子,但有体积和三维坐标,然后固定金属与其配位原子间的键长和键角,这样就可以了。
3楼2013-09-11 06:22:14
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winterose_

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
jly0081: 金币+4, ★★★很有帮助, 谢谢 2013-09-12 16:46:42
引用回帖:
4楼: Originally posted by jly0081 at 2013-09-11 09:09:10
sybyl中有提供钌原子吗...

很确定的说,没有。另外更正一下,貌似上面说的Mn也是没有的,具体看这个表吧。
在sybyl中构建金属配合物,需要什么样的命令可以识别金属原子啊?
atom types_1.jpg

5楼2013-09-11 16:40:28
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