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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 在sybyl中构建金属配合物，需要什么样的命令可以识别金属原子啊？
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jly0081

金虫 (正式写手)

[求助] 在sybyl中构建金属配合物，需要什么样的命令可以识别金属原子啊？

在sybyl中构建金属配合物，需要什么样的命令可以识别金属原子啊？请帮忙，谢谢！
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1楼 2013-09-10 16:14:36
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jly0081

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by winterose_ at 2013-09-11 06:22:14
除了sybyl中已经提供的几种常用金属原子，如Mn等，其它的貌似是没有原子参数的。如果你的配位金属在分子内部，只是做对接，不运行动力学，我采用过的办法是定义这个原子是Du,意思是不明原子，但有体积和三维坐标，然 ...

sybyl中有提供钌原子吗
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4楼2013-09-11 09:09:10
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winterose_

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jly0081: 金币+2, ★有帮助, 谢谢！ 2013-09-11 09:09:31
除了sybyl中已经提供的几种常用金属原子，如Mn等，其它的貌似是没有原子参数的。如果你的配位金属在分子内部，只是做对接，不运行动力学，我采用过的办法是定义这个原子是Du,意思是不明原子，但有体积和三维坐标，然后固定金属与其配位原子间的键长和键角，这样就可以了。
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3楼2013-09-11 06:22:14
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winterose_

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
jly0081: 金币+4, ★★★很有帮助, 谢谢 2013-09-12 16:46:42
引用回帖:
4楼: Originally posted by jly0081 at 2013-09-11 09:09:10
sybyl中有提供钌原子吗...

很确定的说，没有。另外更正一下，貌似上面说的Mn也是没有的，具体看这个表吧。
在sybyl中构建金属配合物，需要什么样的命令可以识别金属原子啊？
atom types_1.jpg
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5楼2013-09-11 16:40:28
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