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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 求荧光计算的完整例子
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thelight

金虫 (小有名气)

[求助] 求荧光计算的完整例子

用高斯计算荧光，已经完全重复了高斯09 中乙醛的荧光例子（共7步），仍然不是很明白。感觉对荧光的计算有很多人在做，但在网上没有找到完整的、包括数据处理的例子。在此提出一些不明白的地方，请高手指点，最好能给一个完整的例子。

1、完成了乙醛例子的7 步后，荧光的峰位置、强度、量子产率是否都能得到，或者说，通过高斯能够得到哪些信息？从结果文件中如何找到这些信息？
2、实验测到的荧光强度与激发波长有关，计算结果是否体现这一点？
3、如果不考虑溶剂，只考虑真空中的分子，是否可以省略某几步？
4、第三步的第一步读结构所使用的chk 文件是否是第二步的结果chk文件？第三步的第一步做的是保存基态的非平衡溶剂信息，是不是应该使用第一步的结果chk文件？
5、第三步的第二步是使用 State-specific 特定态方法来垂直激发，既然选择了 Root=1 这个特定的态，关心的就是这个激发态，为什么还要计算6个激发态 NStates=6 ?
6、第四步是优化激发态，使用了 NStates=6 Root=1，这究竟是对第一激发态进行了优化，还是对六个激发态进行了优化？
7、第四步，例子中用 Geom=Modify 对基态的结构进行了改变。是否可以不做这个改变，直接用 Geom=Check ？
8、第三、四、五、六步使用了 Root=1，对于自己的体系，如何决定该使用 Root=?
9、第六步，从激发态用TD 计算发射光谱时，我的理解，是计算 Root=1  的激发态到基态，为什么还要使用NStates=6 ？

[ Last edited by thelight on 2013-9-5 at 01:47 ]
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1楼2013-09-05 01:20:33
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hairan

木虫 (著名写手)

瞌睡木虫

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gkf高: 金币+10, 谢谢指教~ 2013-09-05 09:20:08
thelight: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢 2013-09-06 10:55:58
最近也接触了一些荧光计算，试着回答一下你的问题，由于激发态计算很复杂，我也还在摸索中，因此我不保证回答的都对。

1、用Gaussian的state-specific算法算完之后，只能得到荧光峰的位置，而强度、量子产率等信息的计算要考虑的因素太多，目前只考虑state-specific算法还无法得到。荧光峰的位置是手工计算得到的，第四步得到的优化结构的能量和第七部计算得到的使用激发态的优化结构及非平衡溶剂计算得到的基态能量的差，通过转换得到波长。
2、计算结果不能体现这一点；
3、不考虑溶剂时，一般只需要第一、第二和第四步，如果需要确定是否找到了激发态势能面的平衡结构需要第五步，由于Gaussian软件现在使用数值法运行激发态的频率计算，对稍大一点的分子，其计算量太大，因此点群为C1的分子就不算了；其余步骤都可以省略；
4、第三步需要的chk文件可以用第一步的，也可以用第二步的；只要Route里面定义的不是激发态的单点计算，程序默认都是使用平衡溶剂；
5、激发态计算很复杂，有时，不通过计算很难确定哪些态的能量低，哪些高，Nstates比root多出来的数值所对应的多算的态是为了保证能找到正确的对应了root数值的态；
6、激发态优化只对root数值对应的态进行优化；
7、不可以，乙醛这个分子在基态有对称性，而根据原理，它在激发态的轨道占据情况需要打破这个对称性。如果直接读chk，则在激发态优化中还是使用并将继续保持基态的对称结构，这样激发态的计算结果肯定不准；
8、这个比较复杂，争议也比较大，我和别人讨论时，有人说应该是去计算第一激发态，因为从能量上来说第一激发态所需要的激发能最小，最容易；也有人说应该根据计算出来的振子强度(f)来看，从上往下寻找第一个阵子强度比较大的激发态作为root，也就是说要确保这个激发态有吸收/发射，这样才能和实验结果进行对比；
9、解释同第五条。
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据权威报纸调查，84%的青少年犯罪者有玩电子游戏的经历，故应该禁止经营电子游戏。据我们所知，100%的青少年犯罪者有穿鞋的经历，故制鞋厂应该停业。
2楼2013-09-05 08:29:59
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thelight

金虫 (小有名气)
非常感谢！明白了一些，还有些问题仍需解惑。

1、做实验的人最关心的是，为什么会有荧光以及荧光强度与结构中的什么因素有关，如果通过计算只能得到“荧光峰的位置”，岂不是对实验没有什么指导、参考、帮助了吗，毕竟通过实验已经得到了荧光峰的位置。

2、高斯参考手册列出了一些 SCRF 选项可以接受的溶剂，如果使用混合溶剂，比如说99:1 的乙腈:水，是不是就没办法了？

3、如果不考虑溶剂，对于真空分子，我的理解，应该需要 一、二、四、七，其中第一步是基态优化，第二步是从基态到激发态，第四步是激发态优化，若无第七步，如何得到发射谱信息？

4、第四步中的Geom=Modify，如果我计算的分子并没有对称性，是否可以不做这个改变，直接用 Geom=Check
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3楼2013-09-06 10:55:31
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hairan

木虫 (著名写手)

瞌睡木虫
★ ★
gmy1990: 金币+2 2013-10-01 16:57:43
1、Gaussian说明书给出的例子中的7步计算，是为更准确的计算位置，但强度信息就完全忽略了。对荧光实验的主要帮助在于可以指出跃迁的特征。
2、SCRF关键词也给出了一些混合溶剂，但肯定远远满足不了需求。对没有的混合溶剂，一个解决办法是测量一下这个混合溶剂的介电常数，然后SCRF不指定溶剂，而指定介电常数。
3、第四步计算完了就已经给出发射信息了。
4、可以不用。
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据权威报纸调查，84%的青少年犯罪者有玩电子游戏的经历，故应该禁止经营电子游戏。据我们所知，100%的青少年犯罪者有穿鞋的经历，故制鞋厂应该停业。
4楼2013-09-06 23:31:20
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dotar

铁虫 (初入文坛)
谢谢 学习学习
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5楼2013-10-01 14:01:41
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huterx

金虫 (小有名气)
感觉挺难的
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6楼2013-10-01 14:03:58
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小范范1989

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by hairan at 2013-09-05 08:29:59
最近也接触了一些荧光计算，试着回答一下你的问题，由于激发态计算很复杂，我也还在摸索中，因此我不保证回答的都对。

1、用Gaussian的state-specific算法算完之后，只能得到荧光峰的位置，而强度、量子产率等信 ...

这么好的帖子，为啥没人顶，hairan，大牛
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It doesn't matter how slow you are, as long as you're determined to get there, you'll get there.
7楼2014-10-29 11:24:44
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janiecc

新虫 (初入文坛)
有用！感谢！

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8楼2014-12-04 06:55:24
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