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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 怎么下载一个ＤＢＤ的库啊
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黑熊1990

铁虫 (小有名气)

[交流] 怎么下载一个ＤＢＤ的库啊

想根据ＤＢＤ确定转录因子，但是从网上找了很多单个的ＤＢＤ，不能作为一个库使用，想求问各位大神怎么下载一个ＤＢＤ的库啊，或者成套的比较全的也行，谢了
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1楼 2013-08-16 08:22:16
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黑熊1990

铁虫 (小有名气)
补充：DBD是DNA结合结构域，我找了好几个数据库，给的DBD要么只给单个的，要么给的是序列号，还没发下
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2楼2013-08-16 21:33:58
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libranjie

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
黑熊1990: 金币+4 2013-08-21 09:33:01
个人觉得你可以找作者问问。

Zhang H M, Chen H, Liu W, et al. AnimalTFDB: a comprehensive animal transcription factor database[J]. Nucleic acids research, 2012, 40(D1): D144-D149.

We compared our predicted human and mouse TFs with those published by DBD (12) and TFCat (8) databases. DBD is a comprehensive predicted TF database for bacteria, archaea and eukaryotes, while TFCat is a curated catalog for human and mouse TFs. For DBD database, through converting the protein ID into gene ID, we obtained 1383 and 1386 Ensembl gene IDs for human and mouse TF genes, respectively. By comparison, the AnimalTFDB includes 93.7% of human TFs and 93.6% of mouse TFs from DBD database. For the TFs in TFCat database, after ID conversion, we got 521 and 543 Ensembl gene IDs for human and mouse TFs, respectively. The compared result showed that 97.1% of human TFs and 96.3% of mouse TFs from TFCat database were available in our database.
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3楼2013-08-20 21:09:21
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wswsjz

木虫 (职业作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
加油!加油!加油!相信你一定能成为科研大牛，到时候多多传受经验！
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4楼2013-08-20 21:51:45
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黑熊1990

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by libranjie at 2013-08-20 21:09:21
个人觉得你可以找作者问问。

Zhang H M, Chen H, Liu W, et al. AnimalTFDB: a comprehensive animal transcription factor database. Nucleic acids research, 2012, 40(D1): D144-D149.

We compared our pr ...

这篇文章我看过，还有一个专门的DBD预测TF的网站，能找到很多，但是不知道怎么使用，大部分都是看不懂的序列号，并且，DBD好像特别多，并且从分类上看不出哪个是DBD
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5楼2013-08-21 09:51:10
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libranjie

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by 黑熊1990 at 2013-08-21 09:51:10
这篇文章我看过，还有一个专门的DBD预测TF的网站，能找到很多，但是不知道怎么使用，大部分都是看不懂的序列号，并且，DBD好像特别多，并且从分类上看不出哪个是DBD...

第一句话挺关键的，”找作者问问“，数据是他们搜集的，他们肯定有整理的结果。
好像有很多序列号是GI（Gene ID），另外还有一些是起始终止位置，看起来还是得提取。
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6楼2013-08-21 15:31:51
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