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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 简并引物设计疑难问题
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xiaonawang1

银虫 (初入文坛)

[求助] 简并引物设计疑难问题

我在设计简并引物过程中遇到点问题，我得到了一段保守氨基酸序列后，输进了primer5中，得到了一条简并的核苷酸序列（里面有Y,N之类的）。接下来再怎么处理才能得到想要的引物呢？直接以该简并核苷酸序列为模板设计引物吗？怎么翻译那些Y、N之类的简并碱基？
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交流很重要
1楼 2013-08-04 16:27:50
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Fleaves

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
不用管，直接出就行了

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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2楼2013-08-05 04:02:30
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xiaonawang1

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Fleaves at 2013-08-05 04:02:30
不用管，直接出就行了

直接买还有简并碱基的引物吗？简并度太高了，老贵了……
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交流很重要
3楼2013-08-05 08:56:32
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Fleaves

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
gyesang: 金币+1, 鼓励回帖应助！ 2013-08-05 13:34:24
引用回帖:
3楼: Originally posted by xiaonawang1 at 2013-08-05 08:56:32
直接买还有简并碱基的引物吗？简并度太高了，老贵了……...

简并碱基又不贵，只要你的N不用I代替，跟普通的引物是一样的价钱。再说，简并度高的话,PCR成功的概率会降低的
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4楼2013-08-05 10:09:21
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luna跃儿弯弯

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

你好 我也是想通过Primer5.0来设计简并引物，也是根据保守的核苷酸序列来设计，请问这样可以吗？我没有应用保守的氨基酸序列，请问这样可以吗？谢谢
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5楼2013-10-11 14:06:50
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xiaonawang1

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by luna跃儿弯弯 at 2013-10-11 14:06:50
你好 我也是想通过Primer5.0来设计简并引物，也是根据保守的核苷酸序列来设计，请问这样可以吗？我没有应用保守的氨基酸序列，请问这样可以吗？谢谢

必须根据保守氨基酸序列设计简并引物，否则就没有意义了
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交流很重要
6楼2013-10-17 10:35:32
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