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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 做DGGE的相关问题
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zq347597638

新虫 (小有名气)

[求助] 做DGGE的相关问题

第一次做DGGE，做土壤DNA的 用的引物PCR结果都在250bp左右，想知道到时候DGGE出来后，割胶测序，可能blast出来，会不会序列太短，谢谢！求做过的指教。
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1楼 2013-07-29 09:54:57
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叫我免子

铁虫 (初入文坛)
LS有两位朋友在误导楼主，你所谓的250bp的产物应该是包括GC夹子的338 518V3区的产物吧，你克隆测序要去掉GC夹子的，其实自由180bp左右。可以克隆测序，但是你的测序结果很难匹配到种属信息，而且，genebank不接受小于200bp的基因片段序列提交了。你懂的
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代做DNA提取，变形梯度凝胶电泳DGGE，real-timePCR，克隆文库等分子生物学操作。精通CCA、RDA和variancepartitionanalysis等多元统计分析。
8楼2013-07-31 13:01:53
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在雨中

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
这么短的引物做DGGE可以 但测徐就没有必要了

[ 发自小木虫客户端 ]
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2楼2013-07-29 11:48:21
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savetheday

银虫 (小有名气)
可以的，不都是这么做的吗，找出差异的测序就行了
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Godbless
3楼2013-07-29 17:05:30
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lhf903

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
可以的，250bp也可以比对的~
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4楼2013-07-29 18:30:09
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