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zq347597638

新虫 (小有名气)

[求助] 做DGGE的相关问题

第一次做DGGE,做土壤DNA的 用的引物PCR结果都在250bp左右,想知道到时候DGGE出来后,割胶测序,可能blast出来,会不会序列太短,谢谢!求做过的指教。
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在雨中

金虫 (著名写手)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
这么短的引物做DGGE可以 但测徐就没有必要了

[ 发自小木虫客户端 ]
2楼2013-07-29 11:48:21
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savetheday

银虫 (小有名气)

可以的,不都是这么做的吗,找出差异的测序就行了
Godbless
3楼2013-07-29 17:05:30
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lhf903

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
可以的,250bp也可以比对的~
4楼2013-07-29 18:30:09
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zq347597638

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by lhf903 at 2013-07-29 18:30:09
可以的,250bp也可以比对的~

好的 非常感谢
5楼2013-07-30 10:21:42
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lance-tan

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
可以测序,做下克隆就行了..
新手入门求各位大神指导
6楼2013-07-30 15:17:35
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xiaoyu1014126

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zq347597638: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢 2013-07-31 10:59:59
250bp应该是V2-V3去,你可以选择V6-V8区(约450bp),一般通过比对讲一个序列鉴定到属至少需要400bp左右
7楼2013-07-30 22:50:05
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叫我免子

铁虫 (初入文坛)

LS有两位朋友在误导楼主,你所谓的250bp的产物应该是包括GC夹子的338 518V3区的产物吧,你克隆测序要去掉GC夹子的,其实自由180bp左右。可以克隆测序,但是你的测序结果很难匹配到种属信息,而且,genebank不接受小于200bp的基因片段序列提交了。你懂的
代做DNA提取,变形梯度凝胶电泳DGGE,real-timePCR,克隆文库等分子生物学操作。精通CCA、RDA和variancepartitionanalysis等多元统计分析。
8楼2013-07-31 13:01:53
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zq347597638

新虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 叫我免子 at 2013-07-31 13:01:53
LS有两位朋友在误导楼主,你所谓的250bp的产物应该是包括GC夹子的338 518V3区的产物吧,你克隆测序要去掉GC夹子的,其实自由180bp左右。可以克隆测序,但是你的测序结果很难匹配到种属信息,而且,genebank不接受小 ...

哦哦  是这样的啊  多谢了 我现在订购了V6-V8区域的引物,非常感谢你!
9楼2013-08-01 16:29:12
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