【答案】应助回帖

有志者，事竟成。

11楼2014-09-22 21:11:04

飞利白

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1542.8
帖子: 43
在线: 981.7小时
虫号: 2325751
注册: 2013-03-07
专业: 化学反应工程

引用回帖:

11楼: Originally posted by 笑笑愁 at 2014-09-22 21:11:04
data文件已经产生了。在你的VMD安装路径下面...

我找到了，可是里面只有坐标和成键信息，没有二面角其它的，这样是不是说明初始构型有问题呀，我的初始构型是用MS里Amorphous Cell模块建的。谢谢

12楼2014-09-23 09:09:17

笑笑愁

金虫 (小有名气)

未知

应助: 23 (小学生)
金币: 709
散金: 10
红花: 4
帖子: 270
在线: 250.7小时
虫号: 1105596
注册: 2010-09-22
性别: GG
专业: 能源化工

引用回帖:

12楼: Originally posted by 飞利白 at 2014-09-23 09:09:17
我找到了，可是里面只有坐标和成键信息，没有二面角其它的，这样是不是说明初始构型有问题呀，我的初始构型是用MS里Amorphous Cell模块建的。谢谢...

这跟你用这个命令的时候加的参数有关系，此参数跟你Lammps中命令atom_type的参数相同

有志者，事竟成。

13楼2014-09-23 10:06:59

丽媛媛媛

银虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 304
帖子: 2
在线: 6.8小时
虫号: 2160468
注册: 2012-12-02
专业: 凝聚态物性 II ：电子结构

你好，请问我用msi2lmp时总是出现cannot open frc.cvff 的情况，请问怎么解决？

14楼2015-03-02 15:16:12

天际之虹

金虫 (小有名气)

应助: 1 (幼儿园)
金币: 1746
帖子: 141
在线: 145.7小时
虫号: 1845365
注册: 2012-06-03
性别: GG
专业: 橡胶及弹性体

引用回帖:

8楼: Originally posted by 飞利白 at 2014-09-22 10:43:34
你好我现在也是用MS导入lammps生成data文件，请问用VMD该如何做啊，因为我的模型是聚合物很复杂，不能手动造data，只能借助软件。能否详细告知，谢谢了...

你好，请问你后来是如何处理VMD导出的data文件无angle,dihedral等信息的？

该觉醒了！

15楼2015-05-14 08:56:10

飞利白

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1542.8
帖子: 43
在线: 981.7小时
虫号: 2325751
注册: 2013-03-07
专业: 化学反应工程

引用回帖:

15楼: Originally posted by 天际之虹 at 2015-05-14 08:56:10
你好，请问你后来是如何处理VMD导出的data文件无angle,dihedral等信息的？...

我没有用VMD的，导出的键角信息根本不全，至于那个VMD导出命令建议你上网搜下吧，我不是很记得也不一定正确。

16楼2015-05-15 08:34:30

天际之虹

金虫 (小有名气)

应助: 1 (幼儿园)
金币: 1746
帖子: 141
在线: 145.7小时
虫号: 1845365
注册: 2012-06-03
性别: GG
专业: 橡胶及弹性体

引用回帖:

16楼: Originally posted by 飞利白 at 2015-05-15 08:34:30
我没有用VMD的，导出的键角信息根本不全，至于那个VMD导出命令建议你上网搜下吧，我不是很记得也不一定正确。...

那你是用什么软件生成键角信息齐全的data文件呢？

该觉醒了！

17楼2015-05-18 14:56:51

zxc252487892

铜虫 (小有名气)

应助: 1 (幼儿园)
金币: 202.5
帖子: 58
在线: 12.5小时
虫号: 2861139
注册: 2013-12-10
专业: 零件加工制造

引用回帖:

9楼: Originally posted by 笑笑愁 at 2014-09-22 11:05:25
vmd命令： topo writelammpsdata 文件名...

你好用用了你的方法很方便！
但是只有0 angles 0 dihedrals 0 impropers，是我的模型有问题？

18楼2015-11-06 11:30:04

张益坤

新虫 (初入文坛)

应助: 1 (幼儿园)
金币: 17
帖子: 50
在线: 15.6小时
虫号: 1773877
注册: 2012-04-23
性别: GG
专业: 无机化工

楼主，问一下，为什么我在用msi2lmp编译car文件时候出现不能对打不开文件的问题

科研有我，我在科研

19楼2015-11-06 18:44:30

笑笑愁

金虫 (小有名气)

未知

应助: 23 (小学生)
金币: 709
散金: 10
红花: 4
帖子: 270
在线: 250.7小时
虫号: 1105596
注册: 2010-09-22
性别: GG
专业: 能源化工

引用回帖:

18楼: Originally posted by zxc252487892 at 2015-11-06 11:30:04
你好用用了你的方法很方便！
但是只有0 angles 0 dihedrals 0 impropers，是我的模型有问题？...

添加atom类型了吗？模型导入VMD有立体的模型显示吗？
可能是模型的问题

有志者，事竟成。

20楼2015-11-10 21:47:32