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yinxiaoli8

木虫 (正式写手)

[求助] 关于蛋白酶解

求助求助,各位做蛋白相关的都来看看
我做了一个α-乳白蛋白的酶解,在加入DTT和IAA之后,有部分蛋白沉淀出现了,然后我又做了一个不加DTT和IAA直接酶解的样本,这两种样本我都进了质谱,可是信号不是很理想。
我想问下专业的同志们,这两种的酶解理论上是不会有太大区别的吧?
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我是一个刚开始学习化学计量学的人儿啊……
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yongtengqian

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
两种区别还是有的,这要具体情况具体分析。
2楼2013-07-15 07:38:44
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yinxiaoli8

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yongtengqian at 2013-07-15 07:38:44
两种区别还是有的,这要具体情况具体分析。

你是做类似的实验的么,有遇到过这种情况?
我是一个刚开始学习化学计量学的人儿啊……
3楼2013-07-15 09:18:28
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yongtengqian

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
yinxiaoli8: 金币+3, 有帮助 2013-07-15 21:42:18
类似实验我没有做过。以前有接触过。
4楼2013-07-15 10:03:18
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yinxiaoli8

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by yongtengqian at 2013-07-15 10:03:18
类似实验我没有做过。以前有接触过。

哦 这样啊 谢谢哦
我是一个刚开始学习化学计量学的人儿啊……
5楼2013-07-15 21:42:05
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cpn

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
yinxiaoli8: 金币+3, ★★★很有帮助 2013-07-16 16:13:54
DTT用于打断二硫键,IAM用于烷基化,防止打断的二硫键重连。
lz你这蛋白多大?疏水性会不会很强?
越大的蛋白,或者疏水性越强的蛋白,越难切。
在酶切前,要经过变性,如果蛋白很难搞,变性剂要加比较强的比如说Guanidine HCl,然后再分别加DTT和IAM,但是,变性剂其实也会影响酶活。。。你后面的酶切也有可能受影响。
有许多需要考虑的东西,最好先找你这个蛋白别人的文献条件,按别人的条件先做做。
另外,要进质谱,信号不太好?ESI源还是MALDI源?你流动相用的FA还是TFA?
6楼2013-07-16 11:50:19
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seallinsky

木虫 (正式写手)

小木虫总版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
yinxiaoli8: 金币+3, ★★★很有帮助 2013-07-16 16:14:13
你蛋白都不变性,空间结构不展开,后面的DTT、IAA、Trypsin怎么可能会有效果,一般用6M的盐酸胍或者8M的尿素在56度DTT存在下变性。酶切效果不好就用顺序酶切,不过这不光是酶的问题,你的质谱型号、上样量溶剂体系什么不说我们也不知道啊
小木虫总版主
7楼2013-07-16 14:58:29
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yinxiaoli8

木虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by seallinsky at 2013-07-16 14:58:29
你蛋白都不变性,空间结构不展开,后面的DTT、IAA、Trypsin怎么可能会有效果,一般用6M的盐酸胍或者8M的尿素在56度DTT存在下变性。酶切效果不好就用顺序酶切,不过这不光是酶的问题,你的质谱型号、上样量溶剂体系什 ...

嗯,说的是,因为才开始做类似的实验,我没有变性处理,因为我看文献里面,好多也都没有做这个处理,我们用的是安捷伦的6460三重四级杆,上样量10uL,溶剂就是0.1%的甲酸水溶液
我是一个刚开始学习化学计量学的人儿啊……
8楼2013-07-16 16:03:35
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yinxiaoli8

木虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by cpn at 2013-07-16 11:50:19
DTT用于打断二硫键,IAM用于烷基化,防止打断的二硫键重连。
lz你这蛋白多大?疏水性会不会很强?
越大的蛋白,或者疏水性越强的蛋白,越难切。
在酶切前,要经过变性,如果蛋白很难搞,变性剂要加比较强的比如说 ...

我这个蛋白分子量不大,14178Da,我们用的ESI源,流动相是FA,嗯,我就是参照的文献,后来也发了邮件问作者,准备再做一次呢谢谢哦
我是一个刚开始学习化学计量学的人儿啊……
9楼2013-07-16 16:13:41
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