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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS建无定形晶胞
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chaizhm

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

MS可以直接创建无定形晶胞
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壁立万仞，无欲则刚
11楼2013-07-18 16:15:39
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anmin0127

至尊木虫 (知名作家)
引用回帖:
10楼: Originally posted by 呆呆天下 at 2013-07-18 15:34:58
思路是这样的，一个带羟基的物质，通过静电作用或者范德华力等等，吸附到氨基酸长链上，我现在都有点怀疑，这个能用MS来计算么...

你的意思是要两个有机物结合在一起？
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12楼2013-07-18 18:26:26
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anmin0127

至尊木虫 (知名作家)
我想了一下，你可以做一下分子动力学试试啊，看看两个完事之后有没有相互作用
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13楼2013-07-18 21:41:39
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呆呆天下

新虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by chaizhm at 2013-07-18 16:15:39
MS可以直接创建无定形晶胞

怎么创建呢？找了下，网上没有这方面的实例额
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14楼2013-07-19 08:58:01
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呆呆天下

新虫 (小有名气)
引用回帖:
13楼: Originally posted by anmin0127 at 2013-07-18 21:41:39
我想了一下，你可以做一下分子动力学试试啊，看看两个完事之后有没有相互作用

不是很懂，接触分子模拟才一个多月额。。。新手小白
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15楼2013-07-19 08:59:02
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anmin0127

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
15楼: Originally posted by 呆呆天下 at 2013-07-19 08:59:02
不是很懂，接触分子模拟才一个多月额。。。新手小白...

就是说你建一个两种分子在一起的形式的构型，济进行一下分子动力学的模拟，看看两个是不是可以连到一起，也或者进行一下Dmol3里面的结构优化，看看两个能不能跑到一起
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16楼2013-07-19 09:08:02
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呆呆天下

新虫 (小有名气)
引用回帖:
16楼: Originally posted by anmin0127 at 2013-07-19 09:08:02
就是说你建一个两种分子在一起的形式的构型，济进行一下分子动力学的模拟，看看两个是不是可以连到一起，也或者进行一下Dmol3里面的结构优化，看看两个能不能跑到一起...

额，我现在就是拿高斯做的，做结构优化，看看能不能说明存在氢键作用，MS晚点我试试，谢谢
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17楼2013-07-19 09:51:19
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anmin0127

至尊木虫 (知名作家)
引用回帖:
17楼: Originally posted by 呆呆天下 at 2013-07-19 09:51:19
额，我现在就是拿高斯做的，做结构优化，看看能不能说明存在氢键作用，MS晚点我试试，谢谢...

高斯做不是更好吗，我觉得高斯的精确度和结果的说服力要更强啊
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18楼2013-07-19 10:02:27
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呆呆天下

新虫 (小有名气)
引用回帖:
18楼: Originally posted by anmin0127 at 2013-07-19 10:02:27
高斯做不是更好吗，我觉得高斯的精确度和结果的说服力要更强啊...

我只要想加外在条件，温度，环境液相等等的，高斯只能纯量化计算啊
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19楼2013-07-19 10:10:32
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anmin0127

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
19楼: Originally posted by 呆呆天下 at 2013-07-19 10:10:32
我只要想加外在条件，温度，环境液相等等的，高斯只能纯量化计算啊...

高斯也可以加条件啊，比如temperature=XXXK，也可以设定溶液，这个都是可以做的，当然了，高斯做出来的图没有MS那么好看
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20楼2013-07-19 10:17:04
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