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chaizhm

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

MS可以直接创建无定形晶胞
壁立万仞,无欲则刚
11楼2013-07-18 16:15:39
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anmin0127

至尊木虫 (知名作家)

引用回帖:
10楼: Originally posted by 呆呆天下 at 2013-07-18 15:34:58
思路是这样的,一个带羟基的物质,通过静电作用或者范德华力等等,吸附到氨基酸长链上,我现在都有点怀疑,这个能用MS来计算么...

你的意思是要两个有机物结合在一起?
12楼2013-07-18 18:26:26
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anmin0127

至尊木虫 (知名作家)

我想了一下,你可以做一下分子动力学试试啊,看看两个完事之后有没有相互作用
13楼2013-07-18 21:41:39
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呆呆天下

新虫 (小有名气)

引用回帖:
11楼: Originally posted by chaizhm at 2013-07-18 16:15:39
MS可以直接创建无定形晶胞

怎么创建呢?找了下,网上没有这方面的实例额
14楼2013-07-19 08:58:01
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呆呆天下

新虫 (小有名气)

引用回帖:
13楼: Originally posted by anmin0127 at 2013-07-18 21:41:39
我想了一下,你可以做一下分子动力学试试啊,看看两个完事之后有没有相互作用

不是很懂,接触分子模拟才一个多月额。。。新手小白
15楼2013-07-19 08:59:02
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anmin0127

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
15楼: Originally posted by 呆呆天下 at 2013-07-19 08:59:02
不是很懂,接触分子模拟才一个多月额。。。新手小白...

就是说你建一个两种分子在一起的形式的构型,济进行一下分子动力学的模拟,看看两个是不是可以连到一起,也或者进行一下Dmol3里面的结构优化,看看两个能不能跑到一起
16楼2013-07-19 09:08:02
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呆呆天下

新虫 (小有名气)

引用回帖:
16楼: Originally posted by anmin0127 at 2013-07-19 09:08:02
就是说你建一个两种分子在一起的形式的构型,济进行一下分子动力学的模拟,看看两个是不是可以连到一起,也或者进行一下Dmol3里面的结构优化,看看两个能不能跑到一起...

额,我现在就是拿高斯做的,做结构优化,看看能不能说明存在氢键作用,MS晚点我试试,谢谢
17楼2013-07-19 09:51:19
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anmin0127

至尊木虫 (知名作家)

引用回帖:
17楼: Originally posted by 呆呆天下 at 2013-07-19 09:51:19
额,我现在就是拿高斯做的,做结构优化,看看能不能说明存在氢键作用,MS晚点我试试,谢谢...

高斯做不是更好吗,我觉得高斯的精确度和结果的说服力要更强啊
18楼2013-07-19 10:02:27
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呆呆天下

新虫 (小有名气)

引用回帖:
18楼: Originally posted by anmin0127 at 2013-07-19 10:02:27
高斯做不是更好吗,我觉得高斯的精确度和结果的说服力要更强啊...

我只要想加外在条件,温度,环境液相等等的,高斯只能纯量化计算啊
19楼2013-07-19 10:10:32
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anmin0127

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
19楼: Originally posted by 呆呆天下 at 2013-07-19 10:10:32
我只要想加外在条件,温度,环境液相等等的,高斯只能纯量化计算啊...

高斯也可以加条件啊,比如temperature=XXXK,也可以设定溶液,这个都是可以做的,当然了,高斯做出来的图没有MS那么好看
20楼2013-07-19 10:17:04
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