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韩江钓雪

木虫 (正式写手)


[交流] 请问有没有研究活性氧与抗生素作用的,求助。。。。

科研想做一下关于活性氧与抗生素是否有相关作用的研究。
但不知道用活性氧是用什么好呢?有这方面经验的虫友麻烦来两句。
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kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2013-07-12 11:52:22
活性氧与抗生素是否有相关作用用FTIR很容易检测出来,你选如何展开讨论。
2楼2013-07-12 11:37:44
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韩江钓雪

木虫 (正式写手)


引用回帖:
2楼: Originally posted by 凌波丽 at 2013-07-12 11:37:44
活性氧与抗生素是否有相关作用用FTIR很容易检测出来,你选如何展开讨论。

我想要让二者加在细菌上看抑菌效果和单用抗生素的区别。这样怎们做?活性氧有很多种,用哪种好呢?
3楼2013-07-12 11:48:08
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kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-07-12 13:26:27
韩江钓雪: 金币+5, 谢谢亲 2013-07-13 10:41:56
引用回帖:
3楼: Originally posted by 韩江钓雪 at 2013-07-12 11:48:08
我想要让二者加在细菌上看抑菌效果和单用抗生素的区别。这样怎们做?活性氧有很多种,用哪种好呢?...

把两者同时加到细菌的培养基里就行,培养皿要密闭(加盖),测定不同浓度的对比的抗生素和活性氧的量,感测细菌生长情况;同时在细胞外用FTIR光谱测定同样的浓度的对比的抗生素和活性氧彼此混合与分离条件下的光谱变化。
活性氧有很多种,用哪种好呢?我不清楚,你多试几种吧,但是要注意活性氧本身就会抑制细菌生长和杀菌,所以每次二者加在细菌上看抑菌效果不仅要有单用抗生素,还要有单用活性氧的抑菌效果的对比。
4楼2013-07-12 11:55:12
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kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2013-07-12 14:19:02
活性氧有很多种,用哪种好呢?

我建议用液态活性氧试剂,固态和气态的活性氧试剂进入细菌的培养基的效果更难以预测,液态活性氧试剂进入细菌的培养基的效果相对容易控制,注意细菌培养条件的密闭环境。
5楼2013-07-12 11:59:05
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韩江钓雪

木虫 (正式写手)


引用回帖:
5楼: Originally posted by 凌波丽 at 2013-07-12 11:59:05
活性氧有很多种,用哪种好呢?

我建议用液态活性氧试剂,固态和气态的活性氧试剂进入细菌的培养基的效果更难以预测,液态活性氧试剂进入细菌的培养基的效果相对容易控制,注意细菌培养条件的密闭环境。

那请问液态活性氧试剂用什么好呢?网上找不到。用双氧水吗?
6楼2013-07-12 12:49:42
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kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2013-07-12 21:53:21
韩江钓雪: 金币+5, 谢谢亲 2013-07-13 09:48:23
可以用双氧水,另外,加入培养基时可以风味不同的配置培养基的不同时间阶段加入,一百年比较效果。抗生素和双氧水也可以在培养基配好后再加入进去。固体活性氧化合物只要能够溶于水就可加入培养基。

另外,你是否要追踪活性氧试剂的作用位点?
7楼2013-07-12 21:33:40
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Haibara_Ai

铜虫 (小有名气)


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韩江钓雪: 金币+5, 命运多舛啊~:cry: 2013-07-13 10:45:36
几个月前有两篇science否定这个来着

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
8楼2013-07-12 21:35:24
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ixido

木虫 (小有名气)


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韩江钓雪: 金币+10, 嗯。我含泪搜文献看看。。。。谢谢亲 2013-07-13 10:46:17
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2013-07-13 11:27:26
1.活性氧物质可以用双氧水,OHP,tBHP这类液体的物质
2.看对于菌的抑制生长可以通过测生长曲线,点板看存活率,FACS检测菌活力的方法
3.可以读读J Collins的文章,他做了很多关于这方面的研究
4.刚出了两篇science对抗生素和活性氧物质之间没有直接联系
5.加油
9楼2013-07-13 09:50:12
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韩江钓雪

木虫 (正式写手)


引用回帖:
7楼: Originally posted by 凌波丽 at 2013-07-12 21:33:40
可以用双氧水,另外,加入培养基时可以风味不同的配置培养基的不同时间阶段加入,一百年比较效果。抗生素和双氧水也可以在培养基配好后再加入进去。固体活性氧化合物只要能够溶于水就可加入培养基。

另外,你是否 ...

嗯。谢谢丽姐。作用位点暂没考虑。。。。。
10楼2013-07-13 10:44:35
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韩江钓雪

木虫 (正式写手)


引用回帖:
9楼: Originally posted by ixido at 2013-07-13 09:50:12
1.活性氧物质可以用双氧水,OHP,tBHP这类液体的物质
2.看对于菌的抑制生长可以通过测生长曲线,点板看存活率,FACS检测菌活力的方法
3.可以读读J Collins的文章,他做了很多关于这方面的研究
4.刚出了两篇scien ...

大哥,您能给个J Collins的文章链接吗?我在pubmed上找不到。。。。
11楼2013-07-13 11:18:37
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韩江钓雪

木虫 (正式写手)


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myprayer: 金币+1, 哈哈,楼主可真是厉害呀。 2013-07-13 18:51:55
下午把science上最近的3篇关于抗生素与ros关系的文章下载了。摘要如下:
1.Killing by bactericidal antibiotics does not depend on reactive oxygen species.

Abstract
Bactericidal antibiotics kill by modulating their respective targets. This traditional view has been challenged by studies that propose an alternative, unified mechanism of killing, whereby toxic reactive oxygen species (ROS) are produced in the presence of antibiotics. We found no correlation between an individual cell's probability of survival in the presence of antibiotic and its level of ROS. An ROS quencher, thiourea, protected cells from antibiotics present at low concentrations, but the effect was observed under anaerobic conditions as well. There was essentially no difference in survival of bacteria treated with various antibiotics under aerobic or anaerobic conditions. This suggests that ROS do not play a role in killing of bacterial pathogens by antibiotics.
2 Cell death from antibiotics without the involvement of reactive oxygen species.
Abstract
Recent observations have suggested that classic antibiotics kill bacteria by stimulating the formation of reactive oxygen species (ROS). If true, this notion might guide new strategies to improve antibiotic efficacy. In this study, the model was directly tested. Contrary to the hypothesis, antibiotic treatment did not accelerate the formation of hydrogen peroxide in Escherichia coli and did not elevate intracellular free iron, an essential reactant for the production of lethal damage. Lethality persisted in the absence of oxygen, and DNA repair mutants were not hypersensitive, undermining the idea that toxicity arose from oxidative DNA lesions. We conclude that these antibiotic exposures did not produce ROS and that lethality more likely resulted from the direct inhibition of cell-wall assembly, protein synthesis, and DNA replication.
3.
Fe-S cluster biosynthesis controls uptake of aminoglycosides in a ROS-less death pathway.
Abstract
All bactericidal antibiotics were recently proposed to kill by inducing reactive oxygen species (ROS) production, causing destabilization of iron-sulfur (Fe-S) clusters and generating Fenton chemistry. We find that the ROS response is dispensable upon treatment with bactericidal antibiotics. Furthermore, we demonstrate that Fe-S clusters are required for killing only by aminoglycosides. In contrast to cells, using the major Fe-S cluster biosynthesis machinery, ISC, cells using the alternative machinery, SUF, cannot efficiently mature respiratory complexes I and II, resulting in impendence of the proton motive force (PMF), which is required for bactericidal aminoglycoside uptake. Similarly, during iron limitation, cells become intrinsically resistant to aminoglycosides by switching from ISC to SUF and down-regulating both respiratory complexes. We conclude that Fe-S proteins promote aminoglycoside killing by enabling their uptake
但这几篇文章都是说抗生素抗菌机制跟细菌内ros产生没有关系。而我的想法是ros是否能协助抗生素抗菌,这样应该还能做吧。求指导。。。。。@凌波丽 @ixido @Haibara_Ai
顺便把附件贴上供大家交流讨论。
http://pan.baidu.com/share/link? ... p;amp;uk=4095909806
http://pan.baidu.com/share/link? ... p;amp;uk=4095909806
http://pan.baidu.com/share/link? ... p;amp;uk=4095909806
12楼2013-07-13 17:29:05
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Haibara_Ai

铜虫 (小有名气)


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韩江钓雪: 金币+5, 好厉害。学习啦,我去看看。。。。 2013-07-14 00:42:18
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2013-07-14 09:54:23
引用回帖:
12楼: Originally posted by 韩江钓雪 at 2013-07-13 17:29:05
下午把science上最近的3篇关于抗生素与ros关系的文章下载了。摘要如下:
1.Killing by bactericidal antibiotics does not depend on reactive oxygen species.

Abstract
Bactericidal antibiotics kill by mo ...

JJ collins最早一篇是2007年发在cell上的 A common mechanism of cellular death induced by bactericidal antibiotics
后续有很多工作具体你去他lab主页上看就行了http://www.bu.edu/abl/publications.html

“http://www.sciencemag.org/content/339/6124/1210.full
这篇文章有个论据我有点怀疑
据我所知Ecoli在Kan&KanR基因存在情况下对产生H2O2没有
很大影响,但是Amp& AmpR对(使用NDH2 gene产生H2O2的表型)是有明显影响的(不过我不能确定是激活还是抑制。。还是作用在下游的activator ArcAB上)” 我以前回过的一个东西,有些间接证据证明AMP至少对NDH2-》ArcAB的调控有很大影响
而且上述文章有解释为什么SOD基因会导致对某些抗生素敏感么?

另外其他菌种里的否定证据这里有
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22504823
不过这篇文章支持SOD对使得Ecoli对抗生素敏感。

我就随便看看,自己不会去做这个领域的。系统太嘈杂,水太深,我觉得如果没有完整实验条件(我觉得还要发大文章至少要部分解释、重复以前出现的肯定/否定结果才行),老板不是领域内一呼百应的人得话还是别搀和了。
13楼2013-07-13 23:52:16
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Haibara_Ai

铜虫 (小有名气)


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kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-07-14 09:54:30
另外你仔细看下2月左右那两篇文章,证据并不能完全否定O2可能存在使抗生素更有效的推断。
有些实验条件选择也说不清,比如Kan在collins文章里是5ug/ml  而这里面有篇文章10ug似乎都不是很有效,后来用的30(他们用的media是否严格控制了磷酸盐浓度?有文章表明高磷酸盐似乎能提供Kan抗性(至少对BL21系的菌株)。。所以如果我做这种实验一定会使用全合成培养基(当然M9不太好。。))  Nor有篇文章是250ng/ul没有明显区别,另一篇文章125似乎O2可以加强抗生素效果?

另外比如Cell Death from Antibiotics Without the Involvement of Reactive Oxygen Species这篇文章中30的Kan O2是有效果的。
14楼2013-07-14 00:15:36
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ixido

木虫 (小有名气)


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引用回帖:
12楼: Originally posted by 韩江钓雪 at 2013-07-13 17:29:05
下午把science上最近的3篇关于抗生素与ros关系的文章下载了。摘要如下:
1.Killing by bactericidal antibiotics does not depend on reactive oxygen species.

Abstract
Bactericidal antibiotics kill by mo ...

首先,这个领域(或者说这个坑)还是有很多没有办法解释的东西,所以楼主还是要慎重。我是因为实验室里有个(依旧还没有毕业的)师兄正在做类似的东西,所以了解了一些。
嗯,这里最主要的问题并不是说ROS能否协助抗生素抗菌,而是说ROS和抗生素之间的关系到底是什么样子的。ROS是自身就能杀死细菌,还是破坏菌的抗性基因从而使细菌失去抗性,还是ROS引起了其他蛋白的表达变化从而改变了菌的抗性。这些都还是不清楚了。

还是慎重一些,多读一些东西比较好。也谢谢Haibara_Ai 提供了collins的主页链接。

PS:给楼主一篇文章,这篇文章从另一个方面提出了ROS和菌对抗生素抗性之间的关系 An oxidation-sensing mechanism is used by the global regulator MgrA in Staphylococcus aureus
16楼2013-07-22 22:44:57
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2013-07-14 05:13   回复  
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