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Bella0224

金虫 (小有名气)

[求助] 求助——质粒大提跑胶成这样已有2人参与

Marker旁边那个长长的东西就是我提取的质粒。。。。大小10kb左右,用的天根质粒大提试剂盒,肿么会成这样呢。。。

另外平时跑胶的时候,Marker总是一坨一坨的,不像论文上的那种一个条带一个条带的,平时都是配置1%的胶,0.25g加入约30ml的1×TAE,微波炉高火1min,低火1min,为毛Marker还是这样纸呢。。。。

求助各位啊!!!!!
求助——质粒大提跑胶成这样
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[ Last edited by 1949stone on 2013-7-9 at 15:08 ]
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Bella0224

金虫 (小有名气)

操作步骤
1. 取100 ml (根据培养菌体的浓度选择合适的量,低拷贝推荐用200 ml) 过夜培养的菌液,
室温10,000 rpm (~11,500×g )离心3 min收集细菌。
注意:菌液较多时,可多次离心并将菌体沉淀收集到一个离心管中。
2. 尽量吸除上清,为确保上清液全部吸取,请倒置干净的吸水纸上。
3. 向留有菌体沉淀的离心管中加入10 ml溶液P1(请先检查是否已加入RNase A),使用移液
器或涡旋振荡器彻底悬浮细菌细胞沉淀。
注意:请务必彻底混悬,如果有未彻底混匀的菌块,会影响裂解,导致提取量和纯度偏
低。
TIANRed试剂的加入对于后续PCR、酶切和测序都没有影响。使用时按照TIANRed:溶
液P1=1:200进行混合,彻底颠倒混匀,混匀后的溶液为澄清的红色。将混匀后的溶液加
入到收集好的菌体中彻底混匀,由于菌体的存在,混匀后的溶液为浑浊的红色。如果提
取质粒后需要进行转染实验,不建议客户在实验中加入TIANRed试剂。
4. 向离心管中加入10 ml溶液P2,立即温和地上下翻转6-8次,充分混匀,室温放置5 min。
注意:温和地混合,不要剧烈震荡,以免污染基因组DNA。此时菌液应变得清亮粘稠,
如果未变得清亮,可能由于菌体过多,裂解不彻底,应减少菌体量。
如果使用了TIANRed,添加P2之后彻底混匀后,溶液的颜色为澄清的紫色。如果在紫
色中混杂有浑浊的红色,则说明裂解不充分,继续混匀直至溶液颜色完全变为澄清的紫
色。
5. 向离心管中加入10 ml溶液P4,立即温和地上下翻转6-8次,充分混匀,至溶液出现白色
分散絮状沉淀。然后室温放置10 min左右。10,000 rpm (~11,500×g )离心5-10 min,使
白色沉淀离至管底(可适当增加离心时间),将全部溶液小心倒入过滤器CS1中(请避
免倒入大量沉淀而阻塞过滤器),慢慢推动推柄过滤,滤液收集在干净的50 ml的管中
(客户自备)。
注意:加入溶液P4后应立即混匀,避免产生局部沉淀。如果离心后倒入过滤器CS1中的
溶液有白色沉淀也不会影响过滤。如果菌体过多(>100 ml),推荐延长离心时间至20-
30 min。
如果使用了TIANRed,添加溶液P4之彻底混匀后,溶液为澄清的黄色,如果在黄色中混
有紫色,则说明复性不充分,继续混匀至溶液颜色完全变为澄清的黄色。
6. 向滤液中加入0.35倍滤液体积的异丙醇和1/2倍异丙醇体积的5M NaCl,上下颠倒充分混
匀。
注意:若此处无沉淀出现为正常现象。
7. 4℃ 10,000 rpm (~11,500×g )离心30 min,轻轻倒掉上清液,将其倒置在吸水纸上。
8. 向管中加入6 ml 70%乙醇充分漂洗沉淀,4℃ 10,000 rpm (~11,500×g )离心10 min,轻
轻倒掉上清液,将其倒置在吸水纸上。
9. 重复步骤8。
10. 将离心管敞口室温放置10-20 min,使乙醇充分挥发后加入1-1.5 ml 洗脱缓冲液TB,充分
溶解沉淀。
注意:洗脱液的pH值对于洗脱效率有很大影响。若用ddH2O做洗脱液应保证其pH值在
7.5-8.0范围内,pH值低于7.0会降低洗脱效率。洗脱缓冲液用量的多少主要是依据质粒的
拷贝数以及实验所需要的浓度来确定。洗脱缓冲液体积不少于1 ml,体积过小影响回收
效率。DNA产物应保存在-20℃,以防DNA降解。
2楼2013-07-08 09:35:19
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nxguojunxian

新虫 (初入文坛)


kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2013-07-08 15:13:41
如果不清楚哪的原因就做对照试验吧:
1,让实验室其他人跑胶时带上你的Marker,确定是胶的问题还是Marker的问题
2,把质粒取出一微升稀释一百倍,上样2微升试试,看看是不是质粒浓度太大了
7楼2013-07-08 14:57:16
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普通回帖

Bella0224

金虫 (小有名气)

这是天根大提的盒子说明书,有什么要注意的地方么?好愁人啊。。。。。。。
3楼2013-07-08 09:35:49
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1949stone

荣誉版主 (知名作家)

海纳百川

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+3, good! 2013-07-08 11:38:00
Bella0224: 金币+1 2013-07-08 15:02:42
mark跑成这样 就很难判断你的提取质量了
不过一般使用试剂盒都问题不大 熟练也不是一朝一夕可以达到的
不过你跑胶出现的问题,可以确定是你的制备有问题,不要纠结加热时间,你需要确定的是琼脂都融化了,无肉眼可见颗粒,即使多加热一会儿也无妨。
海纳百川止于至善
4楼2013-07-08 10:30:46
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ivyvampire

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
上样量多少啊,会不会太多了?提质粒还没遇到过这情况啊
5楼2013-07-08 10:37:19
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wangqi1107

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
Bella0224: 金币+1 2013-07-08 15:02:13
首先做菌液PCR确定你菌液里面有质粒,然后再往后面做。跑胶没多大问题,没事。
6楼2013-07-08 11:36:49
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Bella0224

金虫 (小有名气)

1949stone: 这个基本没有问题,较热的时候可用保鲜膜将三角瓶口简单封一下 不需要多加缓冲液 2013-07-08 16:42:11
引用回帖:
4楼: Originally posted by 1949stone at 2013-07-08 10:30:46
mark跑成这样 就很难判断你的提取质量了
不过一般使用试剂盒都问题不大 熟练也不是一朝一夕可以达到的
不过你跑胶出现的问题,可以确定是你的制备有问题,不要纠结加热时间,你需要确定的是琼脂都融化了,无肉眼 ...

以前加热时间都会长一些,最后剩下的溶液就不多了,大部分都蒸发了,是不是应该在多加一点TAE?
8楼2013-07-08 15:00:57
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Bella0224

金虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by ivyvampire at 2013-07-08 10:37:19
上样量多少啊,会不会太多了?提质粒还没遇到过这情况啊

上样6微升。。。
9楼2013-07-08 15:01:10
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Bella0224

金虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by nxguojunxian at 2013-07-08 14:57:16
如果不清楚哪的原因就做对照试验吧:
1,让实验室其他人跑胶时带上你的Marker,确定是胶的问题还是Marker的问题
2,把质粒取出一微升稀释一百倍,上样2微升试试,看看是不是质粒浓度太大了

谢谢,我下一次试试看,他们都说我提质粒跟一般人都不一样,别人都提不成这样。。。。
10楼2013-07-08 15:01:45
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