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illidanyy

木虫 (小有名气)

[求助] 关于primer5.0的问题

我的机器是64位系统 常用的primer5.0不兼容 然后就下载了某虫友共享的64位兼容的版本 ,之前用的时候一直很正常,但是前几天导入了一条叶绿体DNA的序列,结果出现了w、s、n等错误的碱基,感觉像是乱码,请教各位大神这个是怎么回事 谢谢~
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努力不一定有回报不努力一定没有回报
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illidanyy

木虫 (小有名气)

请各位大神给点线索呗....
努力不一定有回报不努力一定没有回报
2楼2013-07-08 11:17:27
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Lau_Kimura

铁虫 (正式写手)

大神设计引物是不需要用到软件的,直接用眼看就OK了。

我只是学到一点皮毛:
1. 在NCBI下载到待扩增序列(上下游各多200bp).
2. 选定待扩增序列,在上下游分别找~20bp四碱基分布均匀的序列(3'末端最好有一个G或C,实在没有也没关系).
3. 这对引物的两端各3个碱基不能出现互补.
4. 用这对引物在NCBI上Blast,看其在基因组上特异性——只要这对引物的3'端不是同时在非目标染色体上的匹配度都好,我们就说它的特异性好。
3楼2014-01-31 23:08:31
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