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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 克隆表达 引物设计
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ljj0720

银虫 (正式写手)

[求助] 克隆表达 引物设计

急急急  现在我知道某基因的全长 要扩增全长 引物怎么设计啊  网上有这样说的：


1、从你的全长基因的正义链直接数出16-20个碱基（从ATG开始），然后在它的5‘端加上游酶切位点，如果需要的话加上保护碱基。
2、从你的全长基因的反义链从5’-3‘端直接数出16-20个碱基，后在它的5‘端加上游酶切位点，如果需要的话加上保护碱基。
这样引物就设计好了。
注意：上下游的酶切位点不要设计反了。



难道不用软件分析吗

[ Last edited by 1949stone on 2013-7-5 at 09:46 ]
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1楼 2013-07-04 15:48:58
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zhouking8758

木虫 (正式写手)
★ ★
gyesang: 金币+2, 感谢应助！ 2013-07-07 17:52:16
设计个引物都这么纠结。
对于楼主这种扩增基因全长的情况，一般只能从起始密码子开始设计上游引物，从终止密码子设计下游引物，而且必须要借助软件来评价引物之间的二级结构、引物二聚体和错配情况，尤其要注意错配率不要太高。当然，错配、二聚体、二级结构等是不可能都完全消除防护，但是可以通过改变上下游引物长度来尽可能的是的他们的自由能绝对值最小化。
设计引物的时候考虑好是否要加入tag和酶切位点，同时要注意不要移码。
建议楼主google一下，引物的设计相关资料。
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25楼2013-07-07 00:11:59
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bleach060452

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
能不用软件么，开玩笑~~
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岂能尽如人意，但求无愧我心
2楼2013-07-04 15:51:26
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bleach060452

新虫 (小有名气)
他只是极其简单的一说，复杂的地方一点没提，优化才是最恶心的~~必须有软件辅助的
赞一下 回复此楼
岂能尽如人意，但求无愧我心
3楼2013-07-04 15:56:31
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refreshing11

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2013-07-04 17:02:15
分析的余地比较小，因为你的序列已经固定，两端的序列都要扩增出来，没法选择了，不过如果不得已，可以考虑简并引物的使用。希望有帮助

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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4楼2013-07-04 15:56:37
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