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ljj0720

银虫 (正式写手)

[求助] 克隆表达 引物设计

急急急  现在我知道某基因的全长 要扩增全长 引物怎么设计啊  网上有这样说的:


1、从你的全长基因的正义链直接数出16-20个碱基(从ATG开始),然后在它的5‘端加上游酶切位点,如果需要的话加上保护碱基。
2、从你的全长基因的反义链从5’-3‘端直接数出16-20个碱基,后在它的5‘端加上游酶切位点,如果需要的话加上保护碱基。
这样引物就设计好了。
注意:上下游的酶切位点不要设计反了。



难道不用软件分析吗

[ Last edited by 1949stone on 2013-7-5 at 09:46 ]
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ljj0720

银虫 (正式写手)

引用回帖:
21楼: Originally posted by lhs521521 at 2013-07-06 08:49:16
可以给我此基因的mRNA序列吗,包括3‘UTR和5’UTR!...

谢谢 我刚刚看见您的回复  我有DNA序列 是原核生物
ORIGIN      
        1 atgagtttta ggataaatac caatatcgcc gctttaactt ctcatgcggt aggggttcaa
       61 aacaacagag acctttcaag ctcgcttgaa aagttaagct cagggcttag gatcaataaa
      121 gccgctgacg attctagtgg gatggcgatc gctgatagct taaggagtca aagcgcgaat
      181 ttgggtcaag cgatccgcaa cgctaatgac gctattggta tggttcaaac cgcagataaa
      241 gcgatggatg agcaaatcaa aatcttagac accattaaaa ccaaagccgt tcaagccgct
      301 caagacgggc aaactttaga aagccgaaga gccctccaga gcgatattca aaggttgtta
      361 gaagaactag acaatatcgc taacaccaca agctttaacg gccaacaaat gctttcagga
      421 agtttttcta acaaagaatt tcaaattggc gcgtattcta acaccacggt taaggcgtct
      481 attggctcaa cgagctcaga taagattggg catgtgcgca tggaaacttc ttcttttagc
      541 ggtgcaggca tgctcgctag cgcagcggcg caaaacttga ctgaagtggg attgaatttc
      601 aaacaagtca atggcgtgaa cgattataag attgaaaccg tgcgcatttc tacgagtgct
      661 ggcactggga ttggagcgtt aagcgaaatc atcaaccgct tttctaacac cttaggcgtt
      721 agggcctctt ataatgtcat ggccaccggt ggcactcccg tgcaatcagg aactgttagg
      781 gagctcacca ttaatggcgt agaaattggg accgtgaatg atgtgcataa aaacgacgct
      841 gacgggaggt tgactaacgc cattaactcc gtcaaagatc gcaccggcgt ggaagcgagc
      901 ttggatattc aagggcgcat taatttgcac tccattgacg ggcgcgcgat ttctgtgcat
      961 gcagcgagcg cgagcggtca ggtttttggg ggagggaatt ttgcagggat ttctgggaca
     1021 cagcatgcgg ttattgggcg cttaaccttg actaggaccg acgctagaga catcattgta
     1081 agcggtgtga attttagcca tgtgggcttt cattccgctc aaggggtggc agaatacacc
     1141 gtgaatttga gagcggttag gggtattttt gatgcgaatg tggcttcagc agccggagcg
     1201 aacgctaatg gcgcgcaagc ggagaccaat tctcaaggta taggggctgg ggtaacaagc
     1261 cttaaagggg cgatgattgt gatggatatg gcggattcag cgcgcacgca attagacaag
     1321 atccgctcgg atatgggttc ggtgcaaatg gaattggtta caaccattaa taatatttct
     1381 gtaacccaag tgaatgttaa agcggctgaa tctcaaatca gagatgtgga ttttgctgaa
     1441 gagagcgcaa acttttctaa atacaatatt ttggcgcaaa gcgggagttt tgctatggcg
     1501 caagcgaatg cggtgcaaca aaatgtctta aggcttttac aataa
24楼2013-07-06 20:54:04
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bleach060452

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
能不用软件么,开玩笑~~
岂能尽如人意,但求无愧我心
2楼2013-07-04 15:51:26
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bleach060452

新虫 (小有名气)

他只是极其简单的一说,复杂的地方一点没提,优化才是最恶心的~~必须有软件辅助的
岂能尽如人意,但求无愧我心
3楼2013-07-04 15:56:31
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refreshing11

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2013-07-04 17:02:15
分析的余地比较小,因为你的序列已经固定,两端的序列都要扩增出来,没法选择了,不过如果不得已,可以考虑简并引物的使用。希望有帮助

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
4楼2013-07-04 15:56:37
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