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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 特别急！！！用质谱法，然后能确定拟南芥里的哪些基因和位置，这是怎么做的啊！
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梦在农大

银虫 (正式写手)

[求助] 特别急！！！用质谱法，然后能确定拟南芥里的哪些基因和位置，这是怎么做的啊！

之前就是双向电泳分离
3.3. Identification and classification of the 3OC8-HSL-responsive proteins
The 53 variable spots were analyzed by MALDI-TOF-MS. The
protein identification was accomplished by DMF, consulting the
NCBInr and TAIR Arabidopsis databases (http://www.arabidopsis.
org) and taking Arabidopsis as the taxonomy by using the MASCOT
(Matric Science Ltd. London; http://www.matrixscience.com). Of
the 53 gel plugs analyzed, this search resulted in 34 hits (Table 1),
representing approx. 6.5% of the total resolved proteins.

图下注释The fold change is expressed as a ratio of the vol.% between 10 lM 3OC8-HSL treated/control seedlings, and each value represents the mean value ± SD of three biologically independent experiments. The location of the identified protein was predicted by Target P (http://www.cbs.dtu.dk/service/TargetP).
问题：用MALDI-TOF-MS测得AA序列，那怎么能找到对应的基因？Score指的是什么？所在位置是怎么确定的？倍数的改变指的是什么？
可以管我要这篇文章。 非常感谢！！！！！！
特别急！！！用质谱法，然后能确定拟南芥里的哪些基因和位置，这是怎么做的啊！
图1.png
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1楼 2013-06-28 00:05:32
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梦在农大

银虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wizardfan at 2013-06-28 05:37:36
arabidopsis是一个被研究的很透彻的基因组，在用tair作为目标蛋白质数据库的时候，可以很轻松的得到对应的基因信息。看不到score的来源，一般猜测mascot会给出一个score，分数越高，可靠性就越高（就是被鉴定出来的 ...

版主你好 是这样。我们上生物信息学课老师让讲文献，说最好举一个例子说明这篇文章的数据是怎么弄得出来的。但是我不知道人家最开始测得的AA顺序，可不可以从它表里面表的基因反推啊 谢谢
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10楼2013-06-28 23:28:23
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+2, 谢谢参与。不过你的第一段描述更接近于BLAST算法，而不是PSM 2013-06-28 05:39:19
梦在农大: 金币+1, ★有帮助, 谢谢 你水平太高了 2013-06-28 23:20:35
你的图我看不太清楚但是知道是在拟南芥的表达的蛋白组数据库中搜索目的蛋白质的最高分值的匹配信息。

我从和你的文字叙述我已经知道大概怎么回事了，大概就是用MALDI-TOF-MS测定出多肽段或者序列比对是将同源蛋白质或者基因序列位点上的匹配位点（相同或者相似残基）与不匹配位点（不相似残基）按照一定的记分规则转化为序列间相似性或者差异性的数值来加以比较，相似性最大的比对结果具有最多的匹配位点，从数学上讲，应该是最优的比对结果；但是从数学模型或算法得出的最优结果在多大程度上反映了序列之间的相似性以及它们的生物学特征之间的关系，将取决于将生物学问题简化成数学问题的过程，而这一过程也是生物信息处理最难解决的问题。

你给出的文章的作者是分别用质谱测定了一系列的未知蛋白质（34-53种蛋白质）的序列的某些有限酶解肽段或者全蛋白质的分子量（你的材料没说质谱测定的斑点回收物是什么以及怎么测定，我是按照一般用质谱确定蛋白质的方法猜测的）可能是用有限酶水解制备的多肽片段，从蛋白质数据库中搜索蛋白质完全没有进行蛋白质的全序列测定-----除非是数据库中没有的全新蛋白质！“The 53 variable spots were analyzed by MALDI-TOF-MS.”没有上下文，我不知道此句话的确切的意思，这句话可能说：质谱之前的双向电泳的凝胶上的蛋白质斑（回收的蛋白质斑的样品用于MALDI-TOF-MS）有34个在拟南芥的表达的蛋白质数据库中能够寻找匹配度极高的信息-----就是大概确定34个已知蛋白质。

你给出的文章的确定基因的原理是：根据MALDI-TOF-MS测定的一组蛋白质（从你的文章内容可知：共有53个电泳胶上的斑块回收物进行了MALDI-TOF-MS测定）的特征数据，在拟南芥的表达的蛋白质数据库中寻找匹配信息，以便确定MALDI-TOF-MS的数据的蛋白质归属。如此一旦确定目的蛋白质，那么根据蛋白质的序列，然后反推成核苷酸序列，再到进行基因数据库的序列比对，很容易确定基因。也可能拟南芥的蛋白质组的数据库中的每个蛋白质就对应了具体的基因，那么知道了蛋白质也就知道了基因。

你听懂将我说的内容了吗？（我说的已经很详细了吧，你的文章也没有给出，我还要从蛋白质组学的一般操作来猜你的文章的上下文内容和你可能被绊倒的地方。）如果没有懂，把该论文提出来，我给你解释，如果这几天我不忙的话。
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2楼2013-06-28 02:19:34
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)
这个问题倒是我自从注册以来第一次回答蛋白质组学的应用问题，坦率地讲：我认为难度不大，但是比较有意思）。
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3楼2013-06-28 02:21:32
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
137167741: 金币+1, 小木虫鼓励交流~~ 2013-06-28 08:49:35
梦在农大: 金币+1, ★★★很有帮助, 非常感谢 2013-06-28 23:15:53
arabidopsis是一个被研究的很透彻的基因组，在用tair作为目标蛋白质数据库的时候，可以很轻松的得到对应的基因信息。看不到score的来源，一般猜测mascot会给出一个score，分数越高，可靠性就越高（就是被鉴定出来的蛋白质就是真实的蛋白质）。倍数关系同样不清楚，有定量蛋白组学，可以估算蛋白质的含量，可能这个倍数的变化就是指treated/control之间蛋白质浓度的变化。
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4楼2013-06-28 05:37:36
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