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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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金虫 (小有名气)

铁军

[求助] ONIOM计算中输入文件准备的问题

前辈们好!最近在学习oniom(QM:MM)计算,在准备输入文件时,用pdb2oniom产生的文件中蛋白质N端3个氢原子和C端一个氧原子的电荷为0,要怎么把它们修改过来?截图如下:
N-N--0.374282         -1       24.6940000      51.8400000      76.7490000   L
UDF-UDF-0.000000         -1       24.2110000      52.0830000      75.8960000   L
UDF-UDF-0.000000         -1       24.5220000      52.4500000      77.5340000   L
UDF-UDF-0.000000         -1       24.4870000      50.9030000      77.0660000   L
C-CT--0.128844         -1       26.0690000      51.8570000      76.5000000   L
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ykwuya

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

用Amber力场参数啊,TAO教程上有说的,我也是新手,不知道怎么补充
2楼2013-08-17 16:00:39
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