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金虫 (小有名气)
铁军
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ONIOM计算中输入文件准备的问题
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前辈们好！最近在学习oniom（QM:MM）计算，在准备输入文件时，用pdb2oniom产生的文件中蛋白质N端3个氢原子和C端一个氧原子的电荷为0，要怎么把它们修改过来？截图如下： N-N--0.374282 -1 24.6940000 51.8400000 76.7490000 L UDF-UDF-0.000000 -1 24.2110000 52.0830000 75.8960000 L UDF-UDF-0.000000 -1 24.5220000 52.4500000 77.5340000 L UDF-UDF-0.000000 -1 24.4870000 50.9030000 77.0660000 L C-CT--0.128844 -1 26.0690000 51.8570000 76.5000000 L |
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2楼2013-08-17 16:00:39