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金虫 (小有名气)

铁军

[求助] ONIOM计算中输入文件准备的问题

前辈们好！最近在学习oniom（QM:MM）计算，在准备输入文件时，用pdb2oniom产生的文件中蛋白质N端3个氢原子和C端一个氧原子的电荷为0，要怎么把它们修改过来？截图如下：
N-N--0.374282         -1       24.6940000      51.8400000      76.7490000   L
UDF-UDF-0.000000         -1       24.2110000      52.0830000      75.8960000   L
UDF-UDF-0.000000         -1       24.5220000      52.4500000      77.5340000   L
UDF-UDF-0.000000         -1       24.4870000      50.9030000      77.0660000   L
C-CT--0.128844         -1       26.0690000      51.8570000      76.5000000   L
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阿尔法狼，永远的追求！
1楼 2013-06-27 16:00:19
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ykwuya

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

用Amber力场参数啊，TAO教程上有说的，我也是新手，不知道怎么补充
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2楼2013-08-17 16:00:39
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