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xzz1007

金虫 (小有名气)

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[求助] 求助：关于内坐标优化结构时，梯度转化的问题

目前，我所研究的内容是：使用内坐标进行结构的优化。
已知：笛卡尔坐标系下的坐标(x,y,z)以及力(Fx,Fy,Fz)
如果使用内坐标优化的话，首先需要将笛卡尔坐标系下的坐标(x,y,z)以及力(Fx,Fy,Fz)
转化成内坐标的形式, 目前，坐标已经转化完毕了，但是相对应的力，不知道应该如何转化？？
下面以甲烷为例，进一步说一下我的问题所在:

已知：CH4的笛卡尔坐标以及力

Cartesian coordinates:
---------------------------------------------------------------------
Center       Atomic             Coordinates (Angstroms)
Number    Number                X       Y             Z
---------------------------------------------------------------------
1                6                0.000000 0.000000 0.000000
2                1                0.625276 0.625276 0.625276
3                1                -0.625276 -0.625276 0.625276
4                1                -0.625276 0.625276 -0.625276
5                1                0.625276 -0.625276 -0.625276
---------------------------------------------------------------------

Force::

------------------------------------------------------------------------------------------
Center       Atomic                               Forces (Hartrees/Bohr)
Number    Number                X                   Y                   Z
-------------------------------------------------------------------------------------------
1                6             0.000000000 0.000000000 0.000000000
2                1             0.000000000 0.000000000 0.000000425
3                1             0.000000401 0.000000000 -0.000000142
4                1             -0.000000200 -0.000000347 -0.000000142
5                1             -0.000000200 0.000000347 -0.000000142
-------------------------------------------------------------------

我使用tinker中的一个子程序可以将笛卡尔坐标转化成内坐标
internal coordinates:

-------------------------------------------------------------------
         bond             angle                tors
-------------------------------------------------------------------
1
2 1 1.08300
3 1 1.08300 2 109.4712
4 1 1.08300 2 109.4712 3 120.0000
5 1 1.08300 2 109.4712 3 -120.0000

-------------------------------------------------------------------
下面，我就不知道如何将力，也就是负的梯度，也传化成内坐标的形式呢？？

[ 来自小组减肥吧 ]

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