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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 如何利用pymol标记肽链上对应的氨基酸啊
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秋叶麒麟

金虫 (小有名气)

[求助] 如何利用pymol标记肽链上对应的氨基酸啊

我现在手上的数据知道我要找的蛋白肽链上，哪些氨基酸突变了，我想把这些突变了的在3D结构上标记出来，看看在三维空间上是不是在一起。同学跟我推荐了用pymol，但是我弄了半天不知道该怎么标记。比如我要标记肽链上的第74个氨基酸，该怎么打命令呢？或者各位虫友谁有更好的办法或软件不？求指导，求推荐！要是有其他软件可以，但是请顺便告诉我该怎么用，才能达到我的目的。我的蛋白就一条肽链，有70多个氨基酸突变了，我想一个一个的在空间结构上标记出来。谢谢大家了！
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追梦的我正在奔跑！
1楼 2013-06-18 08:47:47
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秋叶麒麟

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by robustli at 2013-06-18 22:39:23
Under the display menu, select " sequence ", it will show you the sequence of your object. then you can use mouse to select your target residues to label with different color.

用你的方法试了 可以  但是有一个小问题  就是点了sequence后出来的数字不是连续从1到最后的   能解释下那是什么意思吗？
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追梦的我正在奔跑！
5楼2013-06-19 15:01:24
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robustli

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
秋叶麒麟: 金币+20, ★★★很有帮助 2013-06-19 14:46:12
Under the display menu, select " sequence ", it will show you the sequence of your object. then you can use mouse to select your target residues to label with different color.
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immunologyparasite
3楼2013-06-18 22:39:23
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ynkuaile

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
秋叶麒麟: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-06-19 14:46:27
选中需要标记的氨基酸，选中侧链也可以。注意不要选错或多选，右侧，sele,点L。选下面residues.
或者选中要标记的氨基酸，右击，lable.residues，就可以了。
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4楼2013-06-19 09:59:51
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ynkuaile

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
秋叶麒麟: 金币+20, ★★★很有帮助 2013-07-04 22:30:20
引用回帖:
5楼: Originally posted by 秋叶麒麟 at 2013-06-19 15:01:24
用你的方法试了 可以  但是有一个小问题  就是点了sequence后出来的数字不是连续从1到最后的   能解释下那是什么意思吗？...

氨基酸序列是从1到最后，但是解出的结构中有些氨基酸是不可见的，不可见的就没有数字，比如从N端开始，前面几个氨基酸在结构中看不到，所以前面几个氨基酸就没有，结构中有一些LOOP，通常上面有些氨基酸也看不清楚，这些通常在sequence中也不标数字。简而言之，结构中有的物质都会对应一个标识，没有的就对应不上，也不标出。
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6楼2013-06-19 15:16:34
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