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秋叶麒麟

金虫 (小有名气)

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[求助] 如何利用pymol标记肽链上对应的氨基酸啊

我现在手上的数据知道我要找的蛋白肽链上，哪些氨基酸突变了，我想把这些突变了的在3D结构上标记出来，看看在三维空间上是不是在一起。同学跟我推荐了用pymol，但是我弄了半天不知道该怎么标记。比如我要标记肽链上的第74个氨基酸，该怎么打命令呢？或者各位虫友谁有更好的办法或软件不？求指导，求推荐！要是有其他软件可以，但是请顺便告诉我该怎么用，才能达到我的目的。我的蛋白就一条肽链，有70多个氨基酸突变了，我想一个一个的在空间结构上标记出来。谢谢大家了！

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追梦的我正在奔跑！

1楼 2013-06-18 08:47:47

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ynkuaile

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【答案】应助回帖

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秋叶麒麟: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-06-19 14:46:27

选中需要标记的氨基酸，选中侧链也可以。注意不要选错或多选，右侧，sele,点L。选下面residues.
或者选中要标记的氨基酸，右击，lable.residues，就可以了。

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4楼2013-06-19 09:59:51

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robustli

银虫 (小有名气)

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【答案】应助回帖

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秋叶麒麟: 金币+20, ★★★很有帮助 2013-06-19 14:46:12

Under the display menu, select " sequence ", it will show you the sequence of your object. then you can use mouse to select your target residues to label with different color.

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immunologyparasite

3楼2013-06-18 22:39:23

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秋叶麒麟

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引用回帖:

3楼: Originally posted by robustli at 2013-06-18 22:39:23
Under the display menu, select " sequence ", it will show you the sequence of your object. then you can use mouse to select your target residues to label with different color.

用你的方法试了可以但是有一个小问题就是点了sequence后出来的数字不是连续从1到最后的能解释下那是什么意思吗？

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追梦的我正在奔跑！

5楼2013-06-19 15:01:24

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ynkuaile

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【答案】应助回帖

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秋叶麒麟: 金币+20, ★★★很有帮助 2013-07-04 22:30:20

引用回帖:

5楼: Originally posted by 秋叶麒麟 at 2013-06-19 15:01:24
用你的方法试了可以但是有一个小问题就是点了sequence后出来的数字不是连续从1到最后的能解释下那是什么意思吗？...

氨基酸序列是从1到最后，但是解出的结构中有些氨基酸是不可见的，不可见的就没有数字，比如从N端开始，前面几个氨基酸在结构中看不到，所以前面几个氨基酸就没有，结构中有一些LOOP，通常上面有些氨基酸也看不清楚，这些通常在sequence中也不标数字。简而言之，结构中有的物质都会对应一个标识，没有的就对应不上，也不标出。

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6楼2013-06-19 15:16:34

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