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waterworld

木虫 (正式写手)

[求助] 只知道基因CDS区序列,如何扩增该基因的启动子

如题,我想克隆山羊一个基因的启动子,CDS区已经由本实验室另外的师妹克隆出来,本来想克隆5‘RACE之后找到转录起始位点,再克隆启动子的,但是最近发现5'RACE试剂盒用完啦,那个试剂盒比较贵,再买一个的可能性不是很大。所以目前在这种情况下如何克隆该基因的启动子。
还有,山羊和牛的相似性很高,可以参考牛的基因组序列,查到NCBI中有牛的mRNA序列,但是只有部分5’RACE序列,不到100bp的样子。。。因为目前山羊的基因组还没有公布,我们克隆山羊的启动子一般都是根据牛的基因组序列设计,不知道在有这些信息的情况下怎么设计引物克隆????求各位大神指教!!!
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niil

金虫 (正式写手)

克隆启动子的序列,用5‘ RACE是扩不出来的。
市面上有些genome walking的盒子,可以买着用用。如,宝生物的Genome Walking Kit,一千多块,10次,效果还可以的。
原理很简单,很容易上手,只是在根据CDS设计引物的时候避开外显子和内含子的边界区就可以了。
Stop fighting,let it flow.
10楼2013-06-26 15:40:08
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