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lmcyjxs

金虫 (正式写手)

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[求助] 大牛来指点下啊~CDS区到底含不含内含子？看了相关的帖反而把我搞糊涂了

各位大侠，我要崩溃了，不是说我没之前没看过帖，而是看了帖之后把我搞混了。
   1 CDS区到时含不含内含子？有一个老师说不含，一个说含，我看了论坛，两种说法我都好像看过。我认为是不含的。
   2 如果CDS区不含内含子，有些基因在NCBI里查到的，标题上注明是全长CDS区，但下面的注释里却显示含有很多个CDS区，基因序列也显示含有多个CDS区，如图1，难道CDS区真含有内含子才是正解？但为什么我克隆了一个基因，反转录得到的，不含内含子了，获得的基因就跟图1情况一样，终止密码子还更多，导致多个CDS区存在，怎么会这样呢？如图2
   3 若在一个基因序列里，含有多个CDS区（就是在多个不同位置含终止密码子），连接到表达载体是不是指翻译其识别的第一个CDS？

1.jpg

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思路决定出路。。。

1楼 2013-06-14 16:15:35

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lmcyjxs

金虫 (正式写手)

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引用回帖:

42楼: Originally posted by 547star at 2013-06-26 16:22:47
不知道实验目的是什么。如果是克隆基因，直接拿基因组DNA分别PCR两个外显子区再做重叠PCR（要求扩增外显子的中间那2条引物有比较长的重叠区）。
上游用特异性引物，下游用Oligo(dT)来做RT-PCR，既保证特异性，也保 ...

说的很有道理！很受用！
我是想做基因克隆的，因为经验不足吧，当时没想到用基因组DNA分别PCR两个外显子区再做重叠PCR的方法来做。本想克隆到一个关键酶基因后就做表达的，只是分析到后面，才发现不对劲，才知道自己扩的是基因组DNA。
实验条件确实不太好，从植物心材里提取的RNA质量没有很好，OD比值在1.75时也用了。
现在是打算换思路来做了，但也还是想把之前的做出来，想知道问题的症结到底在哪。
谢谢~