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zhoubin0823

木虫 (小有名气)

[求助] 纠结的分子实验,双酶切连不上,求助

我用的表达载体是pMAL-c5X,选的酶切位点是NdeⅠ与NotⅠ,T载体用的是pMD19-T,目的基因片段2200左右,T载体与目的基因连上了,测序正确,分别将表达载体与连上目的基因的T载体双酶切后,分别按载体:目的基因为1:7、2:6的比例连接,就是没有长菌,怎么回事?求高手解答。期间做过一些对照试验:
1:用未酶切的质粒pMAL-c5X转化感受态可以得到大量单菌落,以此排除感受态问题。
2:分别用连接酶连接双酶切的pMAL-c5x与连接目的基因的T载体,结果显示不长单菌落,以此排除酶切不充分。
3:实验室的连接酶其他同学成功连接过,也可以排除连接酶的问题。
那么是因为目的基因片段太大,难以连接吗?求解答!!!
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zhoulubin

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
zhoubin0823(myprayer代发): 金币+1, Send one rose fragrance in hand, thank you loosen one's purse strings generously, look forward to your wonderful 2013-06-09 08:48:36
一、2.2kb的片段应该不大,不知道pMAL-c5X载体多大,这个载体好像不是很常见呐。
二、”分别将表达载体与连上目的基因的T载体双酶切后,分别按载体:目的基因为1:7、2:6的比例连接,就是没有长菌“,没有载体图,也不知道切下来的片段多大,我想你应该知道根据不同大小去进行胶回收纯化或PCR产物纯化吧。
三、连接的比例1:2~1:5是指摩尔比,要考虑片段大小的,这个建议参考TaKaRa pMD18、19T Vector 说明书中算法。一般做得多的话,都是直接根据电泳条带亮度做相应调整。如果样品浓度低,可以不加水,增大反应体系。
四、一般片段较长,连接时间相应也较长,不同公司的ligase给的参考条件不一样,建议16℃过夜。
五、酶切时间按照说明书来,不是时间越长越好,有些酶长时间incubator会有星活性。
最后,突然发现我们用户名挺像
每个年龄都有其最应该做的事,但只有过了那个年龄自己才知道
2楼2013-06-08 21:53:57
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zhoubin0823

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zhoulubin at 2013-06-08 21:53:57
一、2.2kb的片段应该不大,不知道pMAL-c5X载体多大,这个载体好像不是很常见呐。
二、”分别将表达载体与连上目的基因的T载体双酶切后,分别按载体:目的基因为1:7、2:6的比例连接,就是没有长菌“,没有载体图,也 ...

一、pMAL-c5X载体大小为5700bp,是带有MBP标签的载体。
二、目的基因2200bp,载体5700bp。
三、连接时一般是看酶切后电泳的亮度,纯化后电泳基本上看不到,不太好判断。
四、我也是16°C过夜连接的。
五、我都是过夜酶切,怕切不开,之前就有没切开过的经历。
谢谢你的建议,我会去注意这些,呵呵,用户名挺像可能是我和你的名字差不多吧!
3楼2013-06-11 10:47:51
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linhehu

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2013-06-11 21:12:31
双酶切的话,如果有些酶难切,最好分部酶切,先用难切的酶线性化载体和目的片段,纯化后再进行容易的酶线性化载体和片段。如果载体线性化好的话,那连接几乎是没问题的。而且连接的转化做好把细菌都离心下来,全部涂板。这个是我经常构建载体的经验
在知识的海洋里裸泳
4楼2013-06-11 19:27:02
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六月青予

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

2200bp不是很常,可以把insert的pcr产物跑胶,看是否有非特异性条带,另外,可以尝试其他感受态细菌,菌种对不一样的质粒转化效率是不同的
至少做到没有遗憾
5楼2013-06-11 21:52:30
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yuxia82012

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


zhoubin0823(myprayer代发): 金币+1, Send one rose fragrance in hand, thank you loosen one's purse strings generously, look forward to your wonderful 2013-06-14 08:15:18
你先把回收的片段跑胶看看确定浓度以及有没有会受到,如果都没问题的话,我不知道你连接体系用的多大,我一般是10uL的连接体系,除了酶和buffer外其余全加连接片段,一般载体加1 uL,其余就是插入基因了。
实在不行,你问问你们实验室有没有人用这个载体构建出来过质粒,有的话问他要一点切一下做载体,这个能确保切得完全。
在等待中涅槃重生
6楼2013-06-11 23:15:59
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zhoubin0823

木虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 六月青予 at 2013-06-11 21:52:30
2200bp不是很常,可以把insert的pcr产物跑胶,看是否有非特异性条带,另外,可以尝试其他感受态细菌,菌种对不一样的质粒转化效率是不同的

insert与pcr产物跑胶基本看不到条带了,只有一点点的印记。尝试过JM109与DH5α,这两个应该是最常用的,还需要试试其他的吗?
7楼2013-06-13 10:10:13
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zhoubin0823

木虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by linhehu at 2013-06-11 19:27:02
双酶切的话,如果有些酶难切,最好分部酶切,先用难切的酶线性化载体和目的片段,纯化后再进行容易的酶线性化载体和片段。如果载体线性化好的话,那连接几乎是没问题的。而且连接的转化做好把细菌都离心下来,全部涂 ...

分步切也试过,只是第二步酶切时条带就只有一点点印记,再割胶纯化基本不会有东西了吧?怎么去评估载体的线性化比较好?连接的转化都是离心过的!
8楼2013-06-13 10:13:43
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zhoubin0823

木虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by yuxia82012 at 2013-06-11 23:15:59
你先把回收的片段跑胶看看确定浓度以及有没有会受到,如果都没问题的话,我不知道你连接体系用的多大,我一般是10uL的连接体系,除了酶和buffer外其余全加连接片段,一般载体加1 uL,其余就是插入基因了。
实在不行 ...

我一般也是用10 ul的体系,加过载体:基因为 1:7 和 2:6 的,都没有加水。
别人构建的质粒我拿来也是一样要切的,且切的难度也是一样的。
9楼2013-06-13 10:20:13
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linhehu

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by zhoubin0823 at 2013-06-13 10:13:43
分步切也试过,只是第二步酶切时条带就只有一点点印记,再割胶纯化基本不会有东西了吧?怎么去评估载体的线性化比较好?连接的转化都是离心过的!...

质粒完全酶切完后可以直接用试剂盒回收,并不用割胶回收,加入质粒的量就不会减少多少了。
在知识的海洋里裸泳
10楼2013-06-13 14:28:37
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