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fangyuanpan

银虫 (小有名气)

[求助] 土壤里面分出两株菌按细菌的16s扩不出来,按真菌的18s还是扩不出来,快哭了 已有1人参与

土壤里面分出两株菌(本来是分离放线菌的但是现在不知道这个是什么菌)按细菌的16s扩不出来,按真菌的18s还是扩不出来,快哭了,P过多次了,不是试剂有问题,因为分出的有一个可以扩出来的。大家给出处主意啊吗,难道除了细菌真菌还有别的?
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fangyuanpan

银虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by xxwju at 2013-06-04 04:26:49
通用引文没选择好,有些菌株16S rRNA基因引物段可能会突变,很小的概率。换个依据其他区域设计的引物试试。

哦 谢谢
5楼2013-06-04 22:51:38
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WSW_Alone

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
laozuzunzhe: 金币+3, 鼓励应助交流! 2013-06-04 19:56:33
fangyuanpan: 金币+1, ★有帮助 2013-06-04 22:51:51
1. 你用的什么培养基?你从形态上初步判断是什么类型的菌?细菌?放线菌?还是真菌?
2. 你这两株菌提取的DNA测过浓度没有?或者跑电泳看了下提出来没有?还是直接拿菌液或菌落扩增的?
3. 如果确定提出了DNA,那么有可能是因为该菌G+C较高所以比较难扩增。
4. 你可以尝试添加海藻糖http://muchong.com/html/201004/1872619.html这个帖子中就提到了:海藻糖能很好的促进高GC含量片段的扩增。(你可以看看这个帖子,尝试添加一定浓度的海藻糖到PCR体系中)
處世樹為模,本固任從枝葉動;立身錢作樣,內方還要外邊圓。
2楼2013-06-03 21:57:47
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xxwju

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与,应助指数 +1
laozuzunzhe: 金币+1, 鼓励应助! 2013-06-04 19:56:41
通用引文没选择好,有些菌株16S rRNA基因引物段可能会突变,很小的概率。换个依据其他区域设计的引物试试。
3楼2013-06-04 04:26:49
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fangyuanpan

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by WSW_Alone at 2013-06-03 21:57:47
1. 你用的什么培养基?你从形态上初步判断是什么类型的菌?细菌?放线菌?还是真菌?
2. 你这两株菌提取的DNA测过浓度没有?或者跑电泳看了下提出来没有?还是直接拿菌液或菌落扩增的?
3. 如果确定提出了DNA,那 ...

用的GYM培养基(葡萄糖,酵母,麦芽抽提物)形态上看是放线菌,提的DNA跑电泳看了,浓度不低。G+C含量高的话加过DMSO还是没用。
4楼2013-06-04 22:51:19
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