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GAMESS version May 1 linux64 Gfortran+MKL编译详细过程
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GAMESS官方网站http://www.msg.ameslab.gov/gamess/注册邮箱以后下载版本为GAMESS version May 1, 2012 R2 for 64 bit IA64x86_64 under Linux with Intel compilers的程序包。（经过试验，版本为GAMESS version May 1, 2012 R2 for 64 bit (x86_64 compatible) under Linux with gnu compilers的程序包也可以在配置相同的机器上进行安装，测试结果完全相同）我们的操作系统环境为Red Hat 5.4，Intel Fortran的版本为ifort 13.0.0，其中带有mkl数学库，利用数学库可以使运算速度得到提升，GAMESS的安装涉及到Fortran编译器和数学库的信息。 注意，GAMESS的脚本均使用csh的shell，没有csh则需要安装。 安装过程：（主要参照程序目录/machines中的readme.unix说明） 1、 解压： zcat gamess-current.tar.gz | tar -xvf - 产生gamess目录，子目录中包括 source 源代码，FORTRAN语言，少部分为C语言 ddi Distributed Data Interface (DDI) 并行计算，C语言 object 初始为空，存放编译过程中产生的 .o文件 tests 测试文件 machines /unix目录下存放脚本文件的备份 tools 工具程序 graphics 画图程序 misc 备注信息 2、 config： 确认系统信息（64-bit Linux）、machine target（sockets或mpi，一般均设置为sockets）、FORTRAN编译器、数学库 ./config 按照提示回答问题 please enter your target machine name: 输入linux64（uname –a命令可以用来查看系统信息） GAMESS directory? 回车使用默认目录 GAMESS build directory? 回车使用默认目录 Version? 回车使用默认的版本号00（也可以修改为其他数值，这一次我统一设置为默认值） Please enter your choice of FORTRAN: 输入gfortran Please enter only the first decimal place, such as 4.1 or 4.6: 输入4.1（gfortran版本号，可以使用gfortran –v命令查看）（输入后，提示Alas, your version of gfortran does not support REAL*16, so relativistic integrals cannot use quadruple precision. Other than this, everything will work properly. gfortran版本影响相对论计算积分的精确度） Enter your choice of 'mkl' or 'atlas' or 'acml' or 'none': 输入mkl（设置数学库） MKL pathname? 输入/opt/intel/mkl或者/opt/intel/composerxe/mkl（数学库安装路径） MKL version (or 'skip')? 输入skip 回车可以在/tools目录下生成激活程序actvte.x communication library ('sockets' or 'mpi')? 输入sockets Do you want to try LIBCCHEM? (yes/no): 输入no config完成后信息会被收集在install.info文件里 3、 compddi /gamess/ddi目录下编辑DDI并行计算 cd /gamess/ddi ./compddi >& compddi.log & mv ddikick.x .. libddi.a文件必须保存在/gamess/ddi目录下，而ddikick.x必须保存在/gamess目录下 4、 compall cd .. ./compall >& compall.log & 编译/source目录里所有的源代码，编译后的 .o 文件存放在/object目录里。vi compall.log查看出错情况。注意在我们的机器上，在config步骤里设置使用gfortran进行编译则不会出错，但是如果设置使用ifort（我们的版本是ifort 13.0.0），在编译trnstn.o文件时出错：“: catastrophic error: **Internal compiler error: segmentation violation signal raised** Please report this error along with the circumstances in which it occurred in a Software Problem Report. Note: File and line given may not be explicit cause of this error. compilation aborted for trnstn.f (code 1)”，其他文件的编译都是正常的，用时约15分钟。这个错误在于ifort编译器，编译GAMESS时最好使用12.0.0之前版本的ifort。 5、lked ./lked games 00 >& lked.log & 产生gamess.00.x，其中数字00为自己设定的版本号。接下来，在configure 'rungms' 成功之后即可做并行计算。 6、编辑rungms 在/gamess目录下设置目录/scr/zcy（其中，scr为程序推荐使用的名称，zcy为用户自己设定）。 mkdir scr cd scr mkdir zcy vi rungms 对第63、64、65行进行编辑，分别设定SCR目录，用于存放较大的临时文件；设定USERSCR目录，用于存放较小的supplementary output文件；设定GAMESS的安装路径。另外第69行可以设定计算使用的CPU数量。 set SCR=/scr/$USER改为 set SCR=/home/zhaochuanyu/gamess/scr/zcy set USERSCR=~$USER/scr改为 set USERSCR=/home/zhaochuanyu/gamess/scr set GMSPATH=/u1/mike/games改为 set GMSPATH=/home/zhaochuanyu/gamess 保存修改 7、运行runall，测试安装是否正确 ./runall 00 >& runall.log & 这是GAMESS内置的测试程序，使用/tests/standard目录下的47个输入文件进行计算。在输出结果*.log文件所在的目录下（照这里的安装方法即/gamess目录），运行： ./tests/standard/checktst 即可利用GAMESS内置的检验程序对计算结果进行检查，结果显示“All jobs terminated normally, now checking detailed numerical results”“All 47 test results are correct!”，表明安装过程无误，计算结果正确。 8、并行计算的设置 vi rungms 在306行左右“if ($NCPUS > 6) set NCPUS=6”之上的位置上加一行“case localhost.localdomain:”，其中“localhost.localdomain:”是运行命令hostname之后得到的结果。 这部分设置要求读懂rungms脚本的意思，在涉及并行计算的部分将本机的信息加上去。在做并行计算的时候可以在命令行中加入所需进程的数目，也可以在rungms脚本中的“set NCPUS=”处修改进程数。在我们的机器中，目前所能使用的最大进程数为6，受脚本的控制，修改脚本应该可以继续增大并行进程数。另外，经过测试，使用./tests/standard/ 目录下的例子进行并行计算，5、23、25、27、32、39、42、45、46、47不能正常进行，这一点在GAMESS文档3_Test Examples中有说明，部分计算是不能做并行的。 参考信息： http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=4597596&fpage=1 http://hi.baidu.com/sobereva/item/f32f0fe84b51220f570f1dc3 http://hi.baidu.com/sobereva/item/f724e964a789ac2768105bd7 http://wiki.klniu.com/zh/GAMESS(US) |
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在服务器上解决了这个问题，采用了http://forums.gentoo.org/viewtopic-p-7199174.html上alphamaennchen的方法： put 127.0.0.1 HOSTNAME with HOSTNAME name of the pc to /etc/hosts 即，在/etc/hosts文件的第一行中 127.0.0.1 后面加上服务器主机名。 注：查看服务器主机名的命令为：hostname。 但在个人机上没解决。 |
8楼2013-07-26 17:31:23
2楼2013-05-20 11:17:28
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