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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » LAMMPS----compute coord/atom命令
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hasisjc

新虫 (初入文坛)

[交流] LAMMPS----compute coord/atom命令

有没有人用过LAMMPS里面compute coord/atom命令，我觉得manual里面讲得也不是很清楚，这个命令是什么意义啊？计算的时候哪个是中心原子，哪个是分布原子？这个命令的计算结果应该怎么查看和导出呢？其结果和compute rdf 里面的配位数有什么联系和区别呢？
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1楼 2013-05-09 14:09:44
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hasisjc

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by hookah at 2013-05-10 13:14:54
这个量是per-atom的，所以每个原子都有，输出的话就是compute一遍量的输出啊，c_ID格式。

thermo不能输出per-aom量，然后手册里面说，可以先把它变成变量，然后再输出，但是变量那儿的style对数据形式也是有限制的，我折腾了半天，总是不行~~~
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5楼2013-05-11 09:46:01
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zhang_jaj

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
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jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-05-09 20:23:47
hasisjc: 金币+1 2013-05-11 09:46:30
hasisjc: 金币+1 2013-05-11 09:46:40
你要计算的group中的每一个atom都是单独的中心。在其周围某个设定半径内的atom都要统计，然后就是这个atom的coordination。可以编程对数据处理（看你想怎么处理），也可以通过atomeye来看。compute rdf里面的配位数是通过第一个峰面积积分得到的
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2楼2013-05-09 18:49:32
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hookah

木虫 (正式写手)
★ ★
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hasisjc: 金币+1 2013-05-11 09:46:37
这个量是per-atom的，所以每个原子都有，输出的话就是compute一遍量的输出啊，c_ID格式。
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3楼2013-05-10 13:14:54
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hasisjc

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhang_jaj at 2013-05-09 18:49:32
你要计算的group中的每一个atom都是单独的中心。在其周围某个设定半径内的atom都要统计，然后就是这个atom的coordination。可以编程对数据处理（看你想怎么处理），也可以通过atomeye来看。compute rdf里面的配位数 ...

我看rdf输出文件里面的配位数是一直增大的，manual里面好像是说从0到当前bin的积分总和~~~这样的话，我想要看第一层配位情况也不能用这个值啊，要自己分析？
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4楼2013-05-11 09:43:22
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zhang_jaj

木虫 (正式写手)
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hasisjc: 金币+1 2013-05-12 09:18:49
引用回帖:
5楼: Originally posted by hasisjc at 2013-05-11 09:46:01
thermo不能输出per-aom量，然后手册里面说，可以先把它变成变量，然后再输出，但是变量那儿的style对数据形式也是有限制的，我折腾了半天，总是不行~~~...

用dump输出
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6楼2013-05-12 07:51:53
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hasisjc

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by zhang_jaj at 2013-05-12 07:51:53
用dump输出...

dump输出的话是每隔一定时间步长生成一个输出文件，那我岂不是要到每隔dump输出文件中把我要的信息筛选出来？很是繁琐啊
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8楼2013-05-12 09:19:48
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mlanqiang

木虫之王 (文学泰斗)
★
hasisjc: 金币+1 2013-05-12 15:01:01
blessing
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9楼2013-05-12 09:36:03
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心转角

新虫 (初入文坛)
★
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引用回帖:
6楼: Originally posted by zhang_jaj at 2013-05-12 07:51:53
用dump输出...

ERROR: Dump custom compute does not calculate per-atom vector (../dump_custom.cpp:1211)

程序：compute    4 all coord/atom 2.5
         dump         1 all custom 1000 liquid.lammpstrj id type x y z c_4
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10楼2014-03-01 20:55:42
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无语55555

新虫 (初入文坛)
★
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引用回帖:
10楼: Originally posted by 心转角 at 2014-03-01 20:55:42
ERROR: Dump custom compute does not calculate per-atom vector (../dump_custom.cpp:1211)

程序：compute    4 all coord/atom 2.5
         dump         1 all custom 1000 liquid.lammpstrj id type x  ...

我也遇到了，你解决了么
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11楼2017-05-10 19:13:12
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qingsir

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引用回帖:
11楼: Originally posted by 无语55555 at 2017-05-10 19:13:12
我也遇到了，你解决了么...

compute    4 all coord/atom 2.5
 dump         1 all custom 1000 liquid.lammpstrj id type x y z c_4
    		•
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    12楼2017-06-24 18:21:18
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    段小飞7楼
    2013-05-12 08:37   回复  
    hasisjc: 金币+1 2013-05-12 15:00:58
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