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hasisjc

新虫 (初入文坛)


[交流] LAMMPS----compute coord/atom命令

有没有人用过LAMMPS里面compute coord/atom命令,我觉得manual里面讲得也不是很清楚,这个命令是什么意义啊?计算的时候哪个是中心原子,哪个是分布原子?这个命令的计算结果应该怎么查看和导出呢?其结果和compute rdf 里面的配位数有什么联系和区别呢?
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hasisjc

新虫 (初入文坛)


引用回帖:
3楼: Originally posted by hookah at 2013-05-10 13:14:54
这个量是per-atom的,所以每个原子都有,输出的话就是compute一遍量的输出啊,c_ID格式。

thermo不能输出per-aom量,然后手册里面说,可以先把它变成变量,然后再输出,但是变量那儿的style对数据形式也是有限制的,我折腾了半天,总是不行~~~
5楼2013-05-11 09:46:01
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普通回帖

zhang_jaj

木虫 (正式写手)


★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-05-09 20:23:47
hasisjc: 金币+1 2013-05-11 09:46:30
hasisjc: 金币+1 2013-05-11 09:46:40
你要计算的group中的每一个atom都是单独的中心。在其周围某个设定半径内的atom都要统计,然后就是这个atom的coordination。可以编程对数据处理(看你想怎么处理),也可以通过atomeye来看。compute rdf里面的配位数是通过第一个峰面积积分得到的
2楼2013-05-09 18:49:32
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hookah

木虫 (正式写手)


★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
hasisjc: 金币+1 2013-05-11 09:46:37
这个量是per-atom的,所以每个原子都有,输出的话就是compute一遍量的输出啊,c_ID格式。
3楼2013-05-10 13:14:54
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hasisjc

新虫 (初入文坛)


引用回帖:
2楼: Originally posted by zhang_jaj at 2013-05-09 18:49:32
你要计算的group中的每一个atom都是单独的中心。在其周围某个设定半径内的atom都要统计,然后就是这个atom的coordination。可以编程对数据处理(看你想怎么处理),也可以通过atomeye来看。compute rdf里面的配位数 ...

我看rdf输出文件里面的配位数是一直增大的,manual里面好像是说从0到当前bin的积分总和~~~这样的话,我想要看第一层配位情况也不能用这个值啊,要自己分析?
4楼2013-05-11 09:43:22
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zhang_jaj

木虫 (正式写手)



hasisjc: 金币+1 2013-05-12 09:18:49
引用回帖:
5楼: Originally posted by hasisjc at 2013-05-11 09:46:01
thermo不能输出per-aom量,然后手册里面说,可以先把它变成变量,然后再输出,但是变量那儿的style对数据形式也是有限制的,我折腾了半天,总是不行~~~...

用dump输出
6楼2013-05-12 07:51:53
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hasisjc

新虫 (初入文坛)


引用回帖:
6楼: Originally posted by zhang_jaj at 2013-05-12 07:51:53
用dump输出...

dump输出的话是每隔一定时间步长生成一个输出文件,那我岂不是要到每隔dump输出文件中把我要的信息筛选出来?很是繁琐啊
8楼2013-05-12 09:19:48
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mlanqiang

木虫之王 (文学泰斗)



hasisjc: 金币+1 2013-05-12 15:01:01
blessing
9楼2013-05-12 09:36:03
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心转角

新虫 (初入文坛)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by zhang_jaj at 2013-05-12 07:51:53
用dump输出...

ERROR: Dump custom compute does not calculate per-atom vector (../dump_custom.cpp:1211)

程序:compute    4 all coord/atom 2.5
         dump         1 all custom 1000 liquid.lammpstrj id type x y z c_4
10楼2014-03-01 20:55:42
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无语55555

新虫 (初入文坛)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
10楼: Originally posted by 心转角 at 2014-03-01 20:55:42
ERROR: Dump custom compute does not calculate per-atom vector (../dump_custom.cpp:1211)

程序:compute    4 all coord/atom 2.5
         dump         1 all custom 1000 liquid.lammpstrj id type x  ...

我也遇到了,你解决了么
11楼2017-05-10 19:13:12
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qingsir

新虫 (初入文坛)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
11楼: Originally posted by 无语55555 at 2017-05-10 19:13:12
我也遇到了,你解决了么...

compute    4 all coord/atom 2.5
 dump         1 all custom 1000 liquid.lammpstrj id type x y z c_4
  • 12楼2017-06-24 18:21:18
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    段小飞7楼
    2013-05-12 08:37   回复  
    hasisjc: 金币+1 2013-05-12 15:00:58
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