应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » LAMMPS----compute coord/atom命令
51/1返回列表
查看: 5655  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

hasisjc

新虫 (初入文坛)

[交流] LAMMPS----compute coord/atom命令

有没有人用过LAMMPS里面compute coord/atom命令，我觉得manual里面讲得也不是很清楚，这个命令是什么意义啊？计算的时候哪个是中心原子，哪个是分布原子？这个命令的计算结果应该怎么查看和导出呢？其结果和compute rdf 里面的配位数有什么联系和区别呢？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-05-09 14:09:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hookah

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
hasisjc: 金币+1 2013-05-11 09:46:37
这个量是per-atom的，所以每个原子都有，输出的话就是compute一遍量的输出啊，c_ID格式。
赞一下 回复此楼
3楼2013-05-10 13:14:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答

zhang_jaj

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-05-09 20:23:47
hasisjc: 金币+1 2013-05-11 09:46:30
hasisjc: 金币+1 2013-05-11 09:46:40
你要计算的group中的每一个atom都是单独的中心。在其周围某个设定半径内的atom都要统计，然后就是这个atom的coordination。可以编程对数据处理（看你想怎么处理），也可以通过atomeye来看。compute rdf里面的配位数是通过第一个峰面积积分得到的
赞一下 回复此楼
2楼2013-05-09 18:49:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hasisjc

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhang_jaj at 2013-05-09 18:49:32
你要计算的group中的每一个atom都是单独的中心。在其周围某个设定半径内的atom都要统计，然后就是这个atom的coordination。可以编程对数据处理（看你想怎么处理），也可以通过atomeye来看。compute rdf里面的配位数 ...

我看rdf输出文件里面的配位数是一直增大的，manual里面好像是说从0到当前bin的积分总和~~~这样的话，我想要看第一层配位情况也不能用这个值啊，要自己分析？
赞一下 回复此楼
4楼2013-05-11 09:43:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hasisjc

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by hookah at 2013-05-10 13:14:54
这个量是per-atom的，所以每个原子都有，输出的话就是compute一遍量的输出啊，c_ID格式。

thermo不能输出per-aom量，然后手册里面说，可以先把它变成变量，然后再输出，但是变量那儿的style对数据形式也是有限制的，我折腾了半天，总是不行~~~
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2013-05-11 09:46:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +3 德尚中行 2026-08-27 3/150 2026-08-28 15:24 by rongshuxia
[基金申请] 基金不中，共勉 +11 eulota 2026-08-26 11/550 2026-08-28 14:22 by 火星超人xi
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +3 bud_bud 2026-08-27 6/300 2026-08-28 11:53 by bud_bud
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 申请删除本帖 +6 lyz123lyz 2026-08-27 7/350 2026-08-27 17:31 by 宁静致远sy
[基金申请] 看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +5 叶九微 2026-08-26 5/250 2026-08-27 10:35 by l_zh2008
[文学芳草园] 梦想 +3 myrtle 2026-08-26 3/150 2026-08-27 10:01 by angelyueyi
[基金申请] 系统查不到 +10 董八千 2026-08-26 10/500 2026-08-26 16:30 by Equinoxhua
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +9 炎黄贵胄 2026-08-22 10/500 2026-08-26 15:40 by semaglutide
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件，有关系吗？ +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +4 bjdxyxy 2026-08-26 4/200 2026-08-26 13:12 by qingmu1201
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 国际合作可查了，中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 今天务委会开完了，明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 国合现在查不到了吗？ +10 chengyan1220 2026-08-24 20/1000 2026-08-26 08:57 by peasantsprig
[基金申请] 牛来！米来！面来！ +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候，我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
[基金申请] 明天应该可查了！？ +6 chengyan1220 2026-08-23 6/300 2026-08-25 19:45 by zfd97
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办？ +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭