应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » LAMMPS----compute coord/atom命令
121/1返回列表
查看: 5092  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

hasisjc

新虫 (初入文坛)

[交流] LAMMPS----compute coord/atom命令

有没有人用过LAMMPS里面compute coord/atom命令，我觉得manual里面讲得也不是很清楚，这个命令是什么意义啊？计算的时候哪个是中心原子，哪个是分布原子？这个命令的计算结果应该怎么查看和导出呢？其结果和compute rdf 里面的配位数有什么联系和区别呢？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2013-05-09 14:09:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

hasisjc

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by hookah at 2013-05-10 13:14:54
这个量是per-atom的，所以每个原子都有，输出的话就是compute一遍量的输出啊，c_ID格式。

thermo不能输出per-aom量，然后手册里面说，可以先把它变成变量，然后再输出，但是变量那儿的style对数据形式也是有限制的，我折腾了半天，总是不行~~~
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2013-05-11 09:46:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

zhang_jaj

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-05-09 20:23:47
hasisjc: 金币+1 2013-05-11 09:46:30
hasisjc: 金币+1 2013-05-11 09:46:40
你要计算的group中的每一个atom都是单独的中心。在其周围某个设定半径内的atom都要统计，然后就是这个atom的coordination。可以编程对数据处理（看你想怎么处理），也可以通过atomeye来看。compute rdf里面的配位数是通过第一个峰面积积分得到的
赞一下 回复此楼
2楼2013-05-09 18:49:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hookah

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
hasisjc: 金币+1 2013-05-11 09:46:37
这个量是per-atom的，所以每个原子都有，输出的话就是compute一遍量的输出啊，c_ID格式。
赞一下 回复此楼
3楼2013-05-10 13:14:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hasisjc

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhang_jaj at 2013-05-09 18:49:32
你要计算的group中的每一个atom都是单独的中心。在其周围某个设定半径内的atom都要统计，然后就是这个atom的coordination。可以编程对数据处理（看你想怎么处理），也可以通过atomeye来看。compute rdf里面的配位数 ...

我看rdf输出文件里面的配位数是一直增大的，manual里面好像是说从0到当前bin的积分总和~~~这样的话，我想要看第一层配位情况也不能用这个值啊，要自己分析？
赞一下 回复此楼
4楼2013-05-11 09:43:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhang_jaj

木虫 (正式写手)
★
hasisjc: 金币+1 2013-05-12 09:18:49
引用回帖:
5楼: Originally posted by hasisjc at 2013-05-11 09:46:01
thermo不能输出per-aom量，然后手册里面说，可以先把它变成变量，然后再输出，但是变量那儿的style对数据形式也是有限制的，我折腾了半天，总是不行~~~...

用dump输出
回复此楼
6楼2013-05-12 07:51:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hasisjc

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by zhang_jaj at 2013-05-12 07:51:53
用dump输出...

dump输出的话是每隔一定时间步长生成一个输出文件，那我岂不是要到每隔dump输出文件中把我要的信息筛选出来？很是繁琐啊
赞一下 回复此楼
8楼2013-05-12 09:19:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mlanqiang

木虫之王 (文学泰斗)
★
hasisjc: 金币+1 2013-05-12 15:01:01
blessing
回复此楼
9楼2013-05-12 09:36:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

心转角

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by zhang_jaj at 2013-05-12 07:51:53
用dump输出...

ERROR: Dump custom compute does not calculate per-atom vector (../dump_custom.cpp:1211)

程序：compute    4 all coord/atom 2.5
         dump         1 all custom 1000 liquid.lammpstrj id type x y z c_4
赞一下 回复此楼
10楼2014-03-01 20:55:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

无语55555

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
10楼: Originally posted by 心转角 at 2014-03-01 20:55:42
ERROR: Dump custom compute does not calculate per-atom vector (../dump_custom.cpp:1211)

程序：compute    4 all coord/atom 2.5
         dump         1 all custom 1000 liquid.lammpstrj id type x  ...

我也遇到了，你解决了么
赞一下 回复此楼
11楼2017-05-10 19:13:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qingsir

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
11楼: Originally posted by 无语55555 at 2017-05-10 19:13:12
我也遇到了，你解决了么...

compute    4 all coord/atom 2.5
 dump         1 all custom 1000 liquid.lammpstrj id type x y z c_4
    		•
    赞一下 回复此楼
    12楼2017-06-24 18:21:18
    		已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
    简单回复
    段小飞7楼
    2013-05-12 08:37   回复  
    hasisjc: 金币+1 2013-05-12 15:00:58
    相关版块跳转 我要订阅楼主 hasisjc 的主题更新
    121/1返回列表
    普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
    信息提示
    关闭
    请填处理意见
    关闭