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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » LAMMPS----compute coord/atom命令
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hasisjc

新虫 (初入文坛)

[交流] LAMMPS----compute coord/atom命令

有没有人用过LAMMPS里面compute coord/atom命令，我觉得manual里面讲得也不是很清楚，这个命令是什么意义啊？计算的时候哪个是中心原子，哪个是分布原子？这个命令的计算结果应该怎么查看和导出呢？其结果和compute rdf 里面的配位数有什么联系和区别呢？
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1楼 2013-05-09 14:09:44
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qingsir

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
11楼: Originally posted by 无语55555 at 2017-05-10 19:13:12
我也遇到了，你解决了么...

compute    4 all coord/atom 2.5
 dump         1 all custom 1000 liquid.lammpstrj id type x y z c_4
    		•
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    12楼2017-06-24 18:21:18
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    zhang_jaj

    木虫 (正式写手)
    ★ ★ ★ ★ ★
    小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
    jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-05-09 20:23:47
    hasisjc: 金币+1 2013-05-11 09:46:30
    hasisjc: 金币+1 2013-05-11 09:46:40
    你要计算的group中的每一个atom都是单独的中心。在其周围某个设定半径内的atom都要统计，然后就是这个atom的coordination。可以编程对数据处理（看你想怎么处理），也可以通过atomeye来看。compute rdf里面的配位数是通过第一个峰面积积分得到的
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    2楼2013-05-09 18:49:32
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    hookah

    木虫 (正式写手)
    ★ ★
    小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
    hasisjc: 金币+1 2013-05-11 09:46:37
    这个量是per-atom的，所以每个原子都有，输出的话就是compute一遍量的输出啊，c_ID格式。
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    3楼2013-05-10 13:14:54
    		已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

    hasisjc

    新虫 (初入文坛)
    引用回帖:
    2楼: Originally posted by zhang_jaj at 2013-05-09 18:49:32
    你要计算的group中的每一个atom都是单独的中心。在其周围某个设定半径内的atom都要统计，然后就是这个atom的coordination。可以编程对数据处理（看你想怎么处理），也可以通过atomeye来看。compute rdf里面的配位数 ...

    我看rdf输出文件里面的配位数是一直增大的，manual里面好像是说从0到当前bin的积分总和~~~这样的话，我想要看第一层配位情况也不能用这个值啊，要自己分析？
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    4楼2013-05-11 09:43:22
    		已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
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