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rivergf

铜虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
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虫号: 814081
注册: 2009-07-22
性别: GG
专业: 环境微生物学

[求助] 基因敲除后遇到很怪的现象，求解释。谢谢！

我的菌株基因组存在两种酶，分别为A酶、B酶。
1、B酶有两个拷贝，记作B1、B2
2、A酶与B1酶的阅读框紧邻，但A酶的阅读框处于反义链，B1酶处于正义链，B2的阅读框离B1相距1000多个阅读框。

3、A、B酶分别催化的反应如下：
A酶将底物E转化为F、G、H；
B酶以F为底物，将其转化为E。

4、当单独敲除B1时，发现A大幅上调；
当单独敲除B2时，发现A基本不上调；
当同时敲除B1、B2时，发现A大幅上调，幅度略低于单独敲除B1时。
5、我认为A与B1紧邻，可能存在一定的互作。导致单独敲除B2时，A没有上调。请问有没有谁看到过类似的文献，或者有更好的解释。
敬请赐教，或推荐类似研究文献！
谢谢！

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生活、目标、信仰、改变。。。

1楼 2013-05-04 11:29:37

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

凌波丽

专家顾问 (知名作家)

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BioEPI: 11
应助: 397 (硕士)
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性别: MM
专业: 生物大分子结构与功能
管辖: 生物科学综合

【答案】应助回帖

“B酶有两个拷贝，记作B1、B2”------B1和B2的碱基序列相同，是吗？
如果B1和B2的碱基序列相同且A酶与B1酶的阅读框紧邻，B2的阅读框离B1相距1000多个阅读框（应该是1000多个碱基？）也就是离A酶的阅读框相距1000多个碱基。
这是如果当单独敲除B2时，发现A大幅上调，那木很可能是构成了新的enhancer,enhancer 必须在远距离起作用，而你的实验结果正反，敲除离A近的使得A表达量上升，敲除远端的倒是没有作用。
这样可以从两个角度考虑：1.敲除B1时，破坏了可以影响到A表达的隔离子序列，且A上游可能有能够对于A表达起促进作用的enhancer ，检测这个假设，你可以同时在敲除B1时检测A邻近的几种其他蛋白质的表达量是否也有上升，如果也有较明显的上升，那么这个假设可能成立；2.A与B1的转录机器可能存在彼此干扰，检测这假设，可以用电镜观察A与B1的转录的转录机器的相互位置。