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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 资源 » 求助关于初学者研究蛋白质模拟的问题
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smy897579

铜虫 (小有名气)

[求助] 求助关于初学者研究蛋白质模拟的问题

本人是做基因工程的，想问问各位，如果我通过基因技术合成了一种全新的酶，我可以通过分子模拟的什么技术进行下一步研究，可以发影响因子较高的文章呢，我对分子模拟不是很清楚，希望大家多指点，谢谢。
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1楼 2013-04-26 09:52:14
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shengxiang

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

你可以搜一点文献看看，就是利用高斯计算酶催化机理的，cluster model指的是只选取活性中心进行计算的意思。 给你几篇文献你看看吧~
Biochemistry,2011,50,1505;
J. Am. Chem. Soc. 134, 5817-5831.
Angew. Chem. Int. Ed. 52, 4563-4567
Chem. Eur. J. 17, 704-713
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12楼2013-05-11 10:52:39
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shengxiang

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-04-29 15:09:11
至于做什么研究的话我觉得应该是看你的这个酶能起什么作用吧，能研究的东西其实挺多的，构象变化啊，抑制剂作用啊，反应机理啊什么什么的，很多的
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2楼2013-04-28 09:11:24
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smy897579

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by shengxiang at 2013-04-28 09:11:24
至于做什么研究的话我觉得应该是看你的这个酶能起什么作用吧，能研究的东西其实挺多的，构象变化啊，抑制剂作用啊，反应机理啊什么什么的，很多的

哦，我可能没说清楚，这个酶是我所研究的代谢途径中的关键酶--醛脱氢酶，请多指点。反应机理的研究应该用什么软件呢，求推荐。
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3楼2013-04-28 13:25:28
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zhengpc3505

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by smy897579 at 2013-04-28 13:25:28
哦，我可能没说清楚，这个酶是我所研究的代谢途径中的关键酶--醛脱氢酶，请多指点。反应机理的研究应该用什么软件呢，求推荐。...

做反应机理的话，GAUSSIAN就可以做，用ONIOM方法来做
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4楼2013-04-28 13:58:39
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