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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 如何构建重组蛋白的三级结构图
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小小赵5881

金虫 (初入文坛)

[求助] 如何构建重组蛋白的三级结构图

我用swiss model进行蛋白质空间结构预测，但是得到的结果只是蛋白质中某个片段序列的结构，通过什么方法才能获得重组蛋白质全长序列的三级结构图
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1楼 2013-04-25 11:38:16
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
14楼: Originally posted by 小小赵5881 at 2013-05-20 20:33:24
，亲，你真是古道热肠，但是这两个软件不能告诉我，抗原决定簇是否在蛋白质的表面...

你是说要抗原表位预测？
KABAT数据库：http://immuno.bme.nwu.edu/

EpitopePrediction:
http://www.syfpeithi.de/Scripts/ ... itopePrediction.htm

http://www.doc88.com/p-804578924227.html

http://blog.sina.com.cn/s/blog_66b58ec80100r3vt.html
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16楼2013-05-26 16:49:47
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lwroche

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖应助！ 2013-05-05 17:34:14
小小赵5881: 金币+1, ★有帮助 2013-05-06 12:15:15
我觉得通过生物信息学-swiss model进行蛋白质空间结构预测，只能从已有的数据库中搜索相似性结构，如果数据库中没有你的重组蛋白序列，得到的结果当然是蛋白质中某个片段序列的结构。
所以，通过要通过蛋白纯化，然后结晶，采用结构生物学方法获得3级结构，如X射线，核磁共振的方法获得重组蛋白质全长序列的三级结构图
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2楼2013-05-05 17:17:03
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

★
小小赵5881: 金币+1 2013-05-06 12:15:31
楼主问的是蛋白质的三维结构预测。

基本原理与基本操作请看附件：
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  • 附件 1 : 蛋白质结构预测原理概述.pdf
    • 2013-05-05 18:24:38, 138.96 K
3楼2013-05-05 18:17:25
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小小赵5881

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lwroche at 2013-05-05 17:17:03
我觉得通过生物信息学-swiss model进行蛋白质空间结构预测，只能从已有的数据库中搜索相似性结构，如果数据库中没有你的重组蛋白序列，得到的结果当然是蛋白质中某个片段序列的结构。
所以，通过要通过蛋白纯化，然 ...

感谢回复，但是我就是想在结晶之前，通过网站或软件先预测一下，因为纯化和结晶需要时间且还要花钱，我的重组蛋白是用来作疫苗的，空间结构很重要，我想事先知道它的结构好从一堆氨基酸序列中选出最优的
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5楼2013-05-06 12:14:47
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