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匿名

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1楼 2013-04-21 14:18:52

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yierangel

金虫 (小有名气)

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★
wangzefu(金币+1): 谢谢参与

新种鉴定必须是纯培养菌株，16S只是一个菌种的遗传特性，其他的生理代谢类型及特性都需要做的，所以说你如果只是单独一段序列是肯定不能说是新种的。

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10楼2013-05-03 14:09:34

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查看全部 17 个回答

见神一笑

木虫 (著名写手)

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★ ★ ★ ★ ★ ★
wangzefu(金币+1): 谢谢参与
laozuzunzhe: 金币+3, 鼓励应助！ 2013-04-22 17:28:13
wangzefu: 金币+2 2013-05-07 10:36:11

不太清楚楼主的目的是什么，是想建文库分析群落多样性，还是只想看其中有无新种的可能？如果楼主想要做的是16S rRNA文库，可以用软件来分析，（你这个应该不能叫鉴定吧，都木有纯培养）用Mega软件比对和建系统发育树，然后用Dotur软件分析OTU，用rarefaction analysis 软件分析饱和度。如果单纯想看有无新种，也建议先有Mega软件比对，比对后就可以将序列分类，然后从每一类选取几个代表序列做个NCBI比对，如果最高相似性在97%以下，很有可能是新种。

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3楼2013-04-21 19:55:09

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